针对您提出的问题，即公安来我方调查他人以我方员工身份行使诈骗案件，我方是否可以告知质询行使诈骗的人，我的分析如下：
配合调查的义务：
- 当公安机关因调查诈骗案件而联系您方时，您方有义务配合公安机关的调查工作。这包括提供与案件相关的信息、资料，以及协助公安机关进行必要的询问和调查。
- 在此过程中，如果公安机关要求您方提供关于涉嫌诈骗的员工的信息或安排其接受询问，您方应当积极配合，不得隐瞒或拒绝提供相关信息。
关于告知质询行使诈骗的人：
- 如果公安机关已经明确要求您方协助联系或安排涉嫌诈骗的员工接受询问：那么您方应当按照公安机关的要求，及时通知该员工，并协助其配合公安机关的调查。这是您方作为公民和企业应尽的法律义务。
- 如果公安机关尚未明确要求，但您方出于自愿想要告知或质询涉嫌诈骗的员工：在这种情况下，您方需要谨慎行事。一方面，您方有权了解员工的行为是否涉嫌违法，并采取相应的内部管理措施；另一方面，您方也需要注意保护员工的合法权益，避免在未经公安机关确认的情况下，对员工进行不当的指责或处理。因此，在公安机关未明确要求的情况下，您方可以先行与涉嫌诈骗的员工进行内部沟通，了解情况，但不宜直接对其进行质询或采取强制措施。同时，您方应当及时将了解到的相关情况报告给公安机关，以便公安机关进一步调查处理。
法律后果与风险提示：
- 如果您方拒绝配合公安机关的调查工作，或者故意隐瞒、提供虚假信息，可能会面临法律责任，包括但不限于被罚款、拘留等行政处罚，甚至可能构成犯罪，被追究刑事责任。
- 如果您方在未经公安机关确认的情况下，对涉嫌诈骗的员工进行不当的指责或处理，可能会侵犯员工的合法权益，引发劳动争议或民事纠纷。因此，在处理此类问题时，您方需要谨慎行事，确保自己的行为合法合规。
建议：
- 在面对此类情况时，您方应当保持冷静，积极配合公安机关的调查工作。
- 如果您方对涉嫌诈骗的员工的行为有疑问或担忧，可以先进行内部沟通了解情况，但务必及时将相关情况报告给公安机关。
- 在处理此类问题时，您方可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的行为合法合规，并有效维护自身的合法权益。
如有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。