公司签署的赔偿协议电子版盖章后打印出来，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、电子版盖章的法律效力

根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。这意味着，如果公司使用符合法律规定的电子签名方式（如可靠的电子签名）在赔偿协议上盖章，那么该电子版协议在法律上是被认可的，具有与纸质协议相同的效力。

二、打印出来的电子版协议的有效性

1. 打印不影响法律效力：将电子版盖章的赔偿协议打印出来，并不改变其原有的法律效力。打印件只是电子文件的物理载体，其内容与电子版完全一致，因此打印出来的协议同样具有法律效力。
2. 需保证打印件的真实性：然而，为了确保打印出来的协议的真实性，公司应当采取措施防止打印件被篡改或伪造。例如，可以在打印时使用防伪技术，或者在打印后由双方当事人再次签字确认。

三、确保协议有效的关键要素

1. 电子签名的可靠性：使用可靠的电子签名是确保电子版协议有效的关键。可靠的电子签名应当符合《电子签名法》的规定，能够识别签名人身份、表明签名人认可签署内容，并确保签署内容不被篡改。
2. 协议内容的合法性：除了电子签名的可靠性外，协议内容本身也必须合法。如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该协议将被视为无效。
3. 双方当事人的真实意思表示：协议必须是双方当事人真实意思的表示。如果一方当事人在签署协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致协议内容并非其真实意思表示，那么该协议也可能被视为无效。

四、实际操作建议

1. 使用可靠的电子签名平台：为了确保电子签名的可靠性，公司可以选择使用经过认证的电子签名平台来签署赔偿协议。这些平台通常提供安全的电子签名技术，能够确保签署过程的真实性和安全性。
2. 保留电子版协议作为备份：在打印出电子版协议的同时，公司应当保留电子版协议作为备份。这样，在需要时可以随时提供电子版协议作为证据，以证明协议的真实性和有效性。
3. 咨询专业律师：如果公司对电子版盖章打印出来的协议的法律效力存在疑问，或者需要更具体的法律建议，可以咨询专业律师。律师可以根据公司的具体情况和需求，提供针对性的法律意见和帮助。

综上所述，公司签署的赔偿协议电子版盖章后打印出来，在符合法定条件的情况下是有效的。为了确保协议的有效性，公司应当使用可靠的电子签名平台、保留电子版协议作为备份，并在必要时咨询专业律师。如果您有任何关于公司法务或股权转让方面的法律问题，可以直接向我咨询。