您好，关于车辆自燃后保险公司是否会按照保险保单进行全损赔付的问题，这主要取决于您是否投保了自燃损失附加险（自燃险）以及自燃的具体原因和情况是否符合保险合同的约定。

如果您已投保自燃险：

1. 赔偿范围：保险公司会赔偿因自燃造成的保险车辆本身的损失，这包括因车辆电器、线路、供油系统发生故障及运载货物自身原因起火燃烧所造成的损失。同时，如果您为防止和减少保险车辆的损失支付了必要合理的施救费用，这部分费用也会由保险公司承担。

2. 赔偿标准：通常，保险公司会在保险单所载明的保险金额内，按车辆实际损失的80%进行赔付，但存在20%的绝对免赔率。这意味着，如果车辆全损，您可能无法获得保险金额的全额赔付。

3. 特殊情况不赔：需要注意的是，如果车辆自燃是由于您私自改装线路、油路等非法改装行为，或者车辆从事营运活动导致的使用性质与投保时不一致，以及您违反车辆安全操作规则（如人工直接供油、明火烘烤等）或故意行为造成的损失，保险公司是不会赔付的。

如果您未投保自燃险：

• 对于新车在质保期内且自燃非由外力或车主不当使用造成，而是车辆本身质量缺陷导致的，应由汽车生产厂家承担责任。
• 对于旧车或其他未投保自燃险的情况，保险公司通常不会赔偿因自燃及不明原因火灾造成的损失和费用，您需要自行承担全部损失。

理赔流程：

1. 立即报案：车辆发生自燃时，您应立即拨打保险公司的报案电话，并按照客服人员的指示进行操作。
2. 现场勘查：保险公司会安排定损人员前往现场勘查，确定损失程度和赔偿金额。
3. 提供证明材料：您需要提供相关的证明材料，如车辆行驶证、购车发票、保险单、火灾事故证明等。
4. 赔付处理：保险公司会根据实际情况和保险合同的约定进行赔付。

综上所述，车辆自燃时保险公司是否会赔付以及赔付的金额和条件，都取决于您是否投保了自燃险以及自燃的具体原因。因此，在购车时，我建议您充分考虑自燃险的选择，以便在车辆发生自燃时能够得到及时的赔偿。同时，在事故发生后，也请您及时、正确地处理理赔事宜，以保障自己的合法权益。