车辆自燃时，保险公司是否会赔偿，主要取决于车主是否购买了自燃损失附加险。以下是对这一问题的详细解答：
一、自燃损失附加险的作用
赔偿范围：
- 自燃损失附加险是机动车车辆损失保险的一个附加险种，用于赔偿因车辆自燃造成的保险车辆本身的损失。
- 同时也涵盖了被保险人为防止和减少保险车辆的损失所支付的必要且合理的施救费用。
不赔偿范围：
- 保险合同中明确列出的责任免除事项，如因自燃引发的间接损失，保险公司不承担赔偿责任。
- 擅自改装、加装电器导致的自燃，以及仅造成车辆电器、线路、供油系统、供气系统损失的，保险公司也免于赔偿。
二、自燃险的赔偿条件
- 车辆需投保自燃险：车主必须在投保机动车辆损失保险的基础上，附加投保车辆自燃险。
- 自燃原因需符合保险责任：自燃原因应属于保险合同约定的保险责任范围，如因车辆电气系统、油路等自身原因导致的自燃。
- 被保险人需尽到妥善保管义务：被保险人应确保车辆得到妥善保管，避免因人为因素导致自燃。
三、自燃险的免赔率与理赔流程
- 免赔率：自燃险一般都有15%左右的免赔率，即保险公司在赔偿时会扣除这部分损失。
- 理赔流程：
- 被保险人需及时向保险公司报案，并提供相关证明材料，如车辆行驶证、购车发票、火灾事故证明等。
- 保险公司会派员对现场进行勘查，并核定损失。
- 如无异议，保险公司会按约定进行赔付。
四、特殊情况说明
- 车内危险品引自燃：如果自燃是由车内危险品引起的，保险公司不承担赔偿保险金的责任。
- 人为造成火灾：人为造成的火灾，保险公司同样不会理赔。
- 车辆改装未登记：车子改装后没有到车管所登记，并且没有经保险公司核保的，即便购买了自燃险，保险公司也不会理赔。
综上所述，车辆自燃时，保险公司是否会赔偿主要取决于车主是否购买了自燃损失附加险以及自燃的具体原因。因此，建议车主在购车时考虑购买自燃损失附加险，以增加对车辆自燃风险的保障。同时，也应注意遵守保险合同中的各项规定，避免因违规行为导致保险公司拒赔。