在刑事案件中，若多退的赃款所对应的部分最终未被认定为犯罪，法院应当退还该部分款项。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据与原则

1. 无罪推定原则：根据我国刑事诉讼法的规定，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。这意味着，在法院最终判决之前，任何被指控的行为都应被视为无罪。因此，如果多退的赃款所对应的部分最终未被认定为犯罪，那么该部分款项就不应被视为犯罪所得，而应予以退还。
2. 财产权保护原则：公民的合法财产受法律保护，任何单位和个人不得非法侵占、挪用或毁损。在刑事案件中，如果多退的赃款并非犯罪所得，那么退还该部分款项就是保护公民财产权的重要体现。

二、实际操作与流程

1. 退赃程序：在刑事案件中，退赃通常是在侦查阶段、审查起诉阶段或审判阶段进行的。如果多退的赃款是在这些阶段退还的，但最终法院未认定该部分为犯罪所得，那么当事人或其家属可以向法院提出退还申请。
2. 法院审查与决定：法院在收到退还申请后，会进行审查。审查的内容包括退赃的凭证、相关证据以及法院对案件的最终认定等。如果法院确认多退的赃款并非犯罪所得，那么法院会作出退还决定，并通知相关部门或单位执行。

三、特殊情况与注意事项

1. 退赃与量刑的关系：在刑事案件中，退赃通常会被视为一种悔罪表现，并可能对量刑产生一定影响。然而，这种影响仅限于被认定为犯罪所得的部分。如果多退的赃款并未被认定为犯罪所得，那么该部分款项的退还就不会对量刑产生影响。
2. 退还方式与期限：退还方式可能因案件具体情况和法院要求而有所不同，可能包括直接退还现金、转账退还等。退还期限则通常会在法院作出退还决定后明确告知当事人或其家属。
3. 证据保留与申请：为了确保多退的赃款能够顺利退还，当事人或其家属应妥善保留退赃的凭证和相关证据。同时，在提出退还申请时，应提供充分的证据证明该部分款项并非犯罪所得。

四、法律后果与救济途径

1. 法律后果：如果法院未依法退还多退的赃款，那么当事人或其家属有权依法提出申诉或控告，要求法院纠正错误并退还款项。
2. 救济途径：除了向法院提出申诉或控告外，当事人或其家属还可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解更多关于退还多退赃款的法律知识和救济途径。

总结来说，在刑事案件中，如果多退的赃款所对应的部分最终未被认定为犯罪，那么法院应当退还该部分款项。这是基于无罪推定原则和财产权保护原则的要求。在实际操作中，当事人或其家属应妥善保留退赃凭证和相关证据，并在必要时向法院提出退还申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。