行政单位二级机构向主管机关借款是否合法，需分情况讨论：
若借款行为符合相关法律法规及财政管理规定：
- 合法性依据：行政单位及其二级机构在遵循国家财政、财务制度的前提下，因工作需要或特定项目资金需求，向主管机关申请借款，且该借款行为经过了合法的审批程序，如内部决策、财政部门批准等，那么这种借款行为是合法的。
- 实际操作：在实际操作中，行政单位二级机构应确保借款用途明确、合理，且借款金额在预算范围内，同时需按照约定的期限和方式归还借款，以维护财政纪律和单位信誉。
若借款行为违反相关法律法规或财政管理规定：
- 非法性情形：如果行政单位二级机构未经合法审批程序，擅自向主管机关借款，或者借款用途不符合规定（如用于非工作需要、个人消费等），或者借款金额超出预算范围，甚至存在挪用、挤占财政资金等违法行为，那么这种借款行为就是非法的。
- 法律后果：非法借款行为可能面临财政部门的处罚，如责令改正、调整预算、扣减经费等；情节严重的，还可能涉及违法违纪责任，对相关责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国预算法》及相关财政管理规定，行政单位应严格按照预算执行，不得擅自改变预算用途或挪用资金。同时，行政单位之间的资金往来也应遵循合法、合规、透明的原则，确保财政资金的合理使用和有效监管。
- 建议：对于行政单位二级机构而言，在向主管机关借款前，应充分了解相关法律法规和财政管理规定，确保借款行为的合法性和合规性。同时，应加强内部财务管理和审计监督，确保借款资金的合理使用和及时归还。如果遇到法律疑问或困惑，建议及时咨询专业律师或财政部门，以获取准确的法律意见和指导。
可能遇到的法律后果及应对：
- 若借款行为被认定为非法：行政单位二级机构可能面临财政部门的处罚和内部纪律处分，甚至可能涉及法律责任。因此，一旦发现借款行为存在违法违规情形，应立即停止借款行为，并主动向财政部门报告情况，积极配合调查处理。
- 应对策略：为避免非法借款行为的发生，行政单位二级机构应建立健全内部财务管理制度，加强财务人员的培训和教育，提高法律意识和合规意识。同时，应加强与主管机关的沟通和协调，确保借款行为的合法性和合规性得到认可和支持。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见和指导。