是的，遇到诈骗案件时，警方有权调查对方公司。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据与警方职权
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在刑事案件中具有侦查权，这包括对犯罪嫌疑人、被告人以及与案件有关的其他单位和个人的调查。在诈骗案件中，如果对方公司涉嫌与诈骗行为有关，或者其业务活动、资金流向等与诈骗案件存在关联，警方有权依法对该公司的相关情况进行调查。这种调查可能涉及公司的财务记录、业务往来、员工行为等多个方面，目的是为了收集证据，查明事实真相，以便对犯罪嫌疑人进行定罪量刑。
调查的具体情形
公司直接参与诈骗：如果对方公司直接参与了诈骗行为，例如通过虚构事实、隐瞒真相等手段骗取他人财物，那么警方当然有权对该公司的相关情况进行全面调查。这包括公司的组织结构、业务模式、资金流向等，以确定公司在诈骗行为中的具体作用和责任。
公司为诈骗提供便利：即使对方公司没有直接参与诈骗行为，但如果其为诈骗行为提供了便利条件，如提供虚假资料、协助转移资金等，警方也有权对该公司的相关情况进行调查。这种情况下，公司的行为可能构成诈骗罪的共犯或者帮助犯，需要承担相应的法律责任。
公司业务与诈骗案件存在关联：有时候，对方公司的业务活动可能与诈骗案件存在某种关联，例如公司的产品或服务被诈骗分子利用作为诈骗工具，或者公司的客户信息被泄露给诈骗分子等。在这种情况下，警方为了查明诈骗案件的真相，也可能需要对公司的相关情况进行调查。
调查的程序与限制
警方在调查对方公司时，必须遵循法定的程序和限制。例如，警方需要依法出示搜查证、调取证据通知书等法律文书，才能对公司进行搜查或调取相关证据。同时，警方在调查过程中也需要保护公司的合法权益，不得侵犯公司的商业秘密、个人隐私等。如果警方在调查过程中发现公司存在违法行为，但该行为与诈骗案件无关，那么警方应当将相关线索移交给有管辖权的机关处理，而不是继续深入调查。
公司的应对与建议
如果公司发现自己被警方调查，应当积极配合警方的工作，如实提供相关证据和信息。同时，公司也可以聘请专业的律师为自己提供法律帮助，以维护自己的合法权益。如果公司认为警方的调查行为存在违法行为或者侵犯了自己的合法权益，可以向相关部门进行投诉或申诉。
如果你或你身边的人遇到了诈骗案件，或者对警方调查公司有进一步的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。