未经注册的特殊医学用途配方食品，将面临行政处罚，情节严重的可能涉及刑事处罚。具体处罚依据和方式如下：
行政处罚：
- 依据：根据《中华人民共和国食品安全法》第八十四条的规定，生产未经注册的特殊医学用途配方食品，或者未按注册的产品配方、生产工艺等技术要求组织生产的，将由省级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。
- 处罚方式：违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。情节严重的，还将面临吊销许可证的处罚。
刑事处罚（如构成犯罪）：
- 依据：若未经注册的特殊医学用途配方食品的生产、销售行为情节严重，构成犯罪的，将依照《中华人民共和国刑法》的相关规定追究刑事责任。
- 可能的罪名：如生产、销售不符合安全标准的食品罪，或者生产、销售有毒、有害食品罪等，具体取决于食品的危害程度和销售情况。
特殊说明：
- 特殊医学用途配方食品是为满足进食受限、消化吸收障碍、代谢紊乱或特定疾病状态人群对营养素或膳食的特殊需要而专门加工配制的食品，其安全性和有效性至关重要。因此，国家对其实行严格的注册管理制度。
- 未经注册的特殊医学用途配方食品，由于其安全性和有效性未经国家验证，可能存在严重的健康风险，因此法律对其进行了严格的规制。
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