结论前置：公司利用休息时间组织培训，其合法性及员工是否有权拒绝，需根据培训的性质、是否与员工协商一致、是否支付相应报酬或安排补休，以及是否涉及法定强制培训等多个因素综合判断。

合法性分析

1. 一般情况下的不合法性：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。劳动者的休息时间受法律保护，未经协商，单位在休息时间组织培训，可能侵犯劳动者的休息权。
   • 实例说明：若公司未经员工同意，擅自安排在休息日进行培训，且未提供任何补偿或调休，这种行为通常是不合法的。

2. 特殊情况下的合法性：

   • 紧急或特殊工作要求：在某些特定情况下，如应对行业变革、生产安全事故等紧急情况，或履行劳动合同中约定的特殊工作要求（如定期紧急技能培训），单位可与劳动者协商后，在休息时间组织培训。
   • 协商一致并支付报酬：若公司与员工就休息时间的培训进行了充分协商，并取得了员工的同意，同时按照法律规定支付了加班报酬或安排了补休，那么这种培训安排是合法的。
   • 法定强制培训：部分行业或岗位出于安全生产、职业健康等公共利益考虑，法律可能强制要求员工参加特定培训。此时，即使培训安排在休息时间，员工也应参加。

员工是否有权拒绝

1. 可以拒绝的情形：

   • 非法定强制培训且无合理补偿：若培训非法定强制，且公司未与员工协商一致或未支付加班报酬，员工有权拒绝参加。
   • 培训内容与工作无关：若培训内容与员工岗位、职责无直接关联，员工也有权基于合同内容拒绝参加。

2. 不可以拒绝的情形：

   • 涉及法定强制培训：如矿山井下作业工人必须定期参加的安全生产培训，即使安排在休息时间，员工也不能拒绝。
   • 培训作为福利且员工事先同意：若培训作为用人单位提供的福利，并事先经过员工自愿同意，员工一般应遵守承诺，不得随意拒绝。

法律建议与措施

1. 初步协商：

   • 员工首先应与单位进行友好协商，表达对于休息时间被占用的关切，并要求单位支付加班报酬或安排补休。通过沟通解决问题，有助于维护双方关系和谐。

2. 正式投诉与仲裁：

   • 若协商无果，员工可向单位的人力资源部门或工会提出正式投诉。仍无法解决时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求单位支付加班报酬并维护休息权。
   • 证据收集：在此过程中，员工应收集并保存相关证据，如培训通知、培训记录、考勤记录等，以证明单位在休息时间组织培训的事实。

3. 提升法律意识：

   • 无论是单位还是员工，都应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，确保劳动关系的和谐稳定。单位在组织培训时，应充分考虑劳动者的休息权益，避免频繁或长期占用休息时间；员工也应理解并支持因工作需要而进行的必要培训。

总结：公司利用休息时间组织培训的合法性及员工是否有权拒绝，需根据具体情况综合判断。在处理此类问题时，应注重保护劳动者的合法权益，同时也应考虑单位的实际需求和工作安排。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。