结论：公司占用休息时间培训是否合法，需根据具体情况分析。若培训出于紧急或特殊工作要求且与劳动者协商一致，可能合法；若频繁占用休息时间且无补偿或调休，则可能违反《中华人民共和国劳动法》。
详细分析
合法性分析
一般情况：
- 劳动者的休息时间受法律保护，根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。未经协商，公司单方面在休息时间组织培训，可能侵犯劳动者的休息权，这种行为通常是不合法的。
特殊情况：
- 在某些特定情况下，如应对行业变革、生产安全事故等紧急情况，或履行劳动合同中约定的特殊工作要求（如定期紧急技能培训），公司可与劳动者协商后，在休息时间组织培训。此时，需确保培训的必要性和紧迫性，并尽量减少对劳动者休息的影响。若劳动者同意，且培训符合法律法规和劳动合同约定，则可能合法。
报酬支付问题
支付加班报酬：
- 若公司在休息时间组织培训且要求劳动者必须参加，此情况应视为加班。根据《劳动法》第四十四条，用人单位应支付不低于工资的150%的工资报酬（延长工作时间）；休息日安排工作又不能补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。因此，公司应按照法律规定支付加班报酬。
协商调休：
- 公司也可与劳动者协商，在后续安排补休以替代加班报酬。但补休时间应与培训占用的休息时间相等，并确保劳动者同意此安排。若劳动者不同意调休而要求支付加班报酬，公司应予以满足。
解决措施与建议
初步协商：
- 劳动者首先应与公司进行友好协商，表达对于休息时间被占用的关切，并要求公司支付加班报酬或安排补休。通过沟通解决问题，有助于维护双方关系和谐。
正式投诉与仲裁：
- 若协商无果，劳动者可向公司的人力资源部门或工会提出正式投诉。仍无法解决时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求公司支付加班报酬并维护休息权。在此过程中，劳动者应收集并保存相关证据，如培训通知、培训记录、考勤记录等，以证明公司在休息时间组织培训的事实。
综合考量
工作需求与休息权益的平衡：
- 公司在组织培训时，应充分考虑劳动者的休息权益，避免频繁或长期占用休息时间。同时，劳动者也应理解并支持因工作需要而进行的必要培训。双方应通过协商，找到工作需求与休息权益的平衡点。
法律意识的提升：
- 无论是公司还是劳动者，都应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，确保劳动关系的和谐稳定。公司应依法组织培训，尊重劳动者的休息权；劳动者也应了解自己的权益，敢于维护自己的合法权益。
示例说明：
假设某公司因业务需要，计划在周末组织一次紧急技能培训。公司应事先与劳动者进行协商，说明培训的必要性和紧迫性，并征求劳动者的意见。若劳动者同意参加培训，公司应按照法律规定支付加班报酬或安排补休。若劳动者不同意参加培训，公司应尊重劳动者的选择，不得强制要求参加。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第三十八条：用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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