工商变更时企业签章签署人和登录人不一致，通常可能由以下几种情况导致，需根据具体原因判断是否合规及如何处理：

1. 内部授权流程未同步更新
   企业工商变更（如法定代表人、股东、经营范围等变更）需先完成内部决策程序（如股东会决议、董事会决议），再由授权代表签署文件并提交工商部门。若内部已变更授权代表（如原法定代表人离职后未及时更新工商登记），但新授权代表尚未完成工商变更登记，此时可能出现“实际签署人（新代表）与工商登记的签署人（原代表）”不一致的情况。
   合规性：若内部授权文件完整（如新代表的授权委托书、内部决议等），仅工商登记未更新，属于程序瑕疵但非实质违法，需尽快办理工商变更登记以匹配实际签署人。

2. 登录人身份与签署人身份分离
   工商变更需通过“企业登记全程电子化系统”提交材料，登录人可能是企业经办人（如行政人员），而签署人需是法定代表人或授权代表。若经办人仅负责系统操作，不参与文件签署，则登录人与签署人自然不一致。
   合规性：此情况完全合法，只需确保签署人身份符合工商要求（如法定代表人签字或授权代表签字），登录人身份不影响变更效力。

3. 冒用身份或伪造签章
   若变更材料中的签署人非企业实际授权人员（如离职人员私自签字、他人伪造签章），或登录人未经授权操作企业账户，则涉及违法行为。
   合规性：此类行为可能构成“提交虚假材料取得公司登记”（《公司法》第198条），工商部门可撤销变更登记，企业及直接责任人可能面临罚款（5万-50万）、拘留等处罚；若涉及刑事犯罪（如伪造公司印章罪），还需承担刑事责任。

建议处理步骤：

1. 核对内部授权文件（如股东会决议、授权委托书），确认签署人是否为当前合法授权代表；
   
2. 检查工商变更登记进度，若已变更但系统未更新，联系工商部门同步信息；
   
3. 若发现冒用身份或伪造签章，立即向工商部门举报并报警，同时通过内部公告澄清事实，避免后续纠纷。
   

提示：工商变更涉及企业重大权益，建议由专人负责全程跟进，确保签署人、登录人身份及材料真实性，避免因程序瑕疵影响变更效力或引发法律风险。如有具体案例细节，可进一步向我咨询。