针对您提出的“非法经营罪只立案不起诉怎么办”的问题，这确实是一个涉及法律程序和具体案件处理的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解不起诉的法律依据
首先，我们需要明确不起诉的法律依据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，不起诉主要分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形。
法定不起诉：
- 当犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形时，如情节显著轻微、危害不大，犯罪已过追诉时效期限，经特赦令免除刑罚，犯罪嫌疑人、被告人死亡等，人民检察院应当作出不起诉决定。
酌定不起诉：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这通常要求犯罪嫌疑人已构成犯罪，但情节显著轻微，危害不大，且认罪悔过，如积极退缴违法所得等。
证据不足不起诉：
- 若公安机关移送的案件材料存在关键证据缺失、无法形成完整证据链，或现有证据之间存在重大矛盾且无法排除合理怀疑时，检察机关将依法作出存疑不起诉决定。
二、分析具体不起诉情形
针对非法经营罪，以下是一些可能的不起诉情形：
证据不足：
- 如无法查实涉案物品的具体数量、实际销售价格等关键信息，导致犯罪数额认定存在重大疑问，检察机关可能以证据不足为由不起诉。
不构成犯罪：
- 当行为虽涉及经营活动但未达到刑事立案追诉标准时，如个人偶尔代购少量境外药品未造成严重后果，或企业超范围经营但未达到“情节严重”程度等，应作法定不起诉处理。
情节显著轻微且危害不大：
- 如非法经营额刚达立案标准但经营时间短、获利微薄，且未造成严重社会后果或已及时消除影响，同时犯罪嫌疑人认罪悔过，检察机关可能作出酌定不起诉决定。
存在特殊免责事由：
- 如正当防卫、紧急避险、被害人承诺、不可抗力或意外事件等特殊情形，也可能导致不起诉。
三、应对策略与建议
咨询专业法律人士：
- 如果您或您身边的人面临非法经营罪立案但不起诉的情况，最好的做法是尽快咨询专业的法律人士。他们可以根据具体情况提供更详细和准确的法律建议，帮助您了解案件的可能走向和应对策略。
积极配合调查：
- 无论案件最终是否起诉，积极配合相关部门的调查都是至关重要的。如实陈述事实，提供相关证据，有助于案件的公正处理。
关注案件进展：
- 及时了解案件的进展情况，包括检察机关的审查意见、是否提起公诉等。这有助于您及时调整应对策略，保护自己的合法权益。
遵守法律法规：
- 最后，但同样重要的是，要严格遵守所有相关的法律法规。非法经营是违法的，可能会对社会和经济造成严重的危害。避免从事任何形式的非法经营活动，是预防此类问题的根本之道。
综上所述，非法经营罪只立案不起诉的情况可能涉及多种法律因素和具体情形。如果您或您身边的人面临此类问题，请务必咨询专业法律人士并积极配合调查，以维护自己的合法权益。