核心结论：三方协议中只有公司未盖章，协议的效力及后续处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若协议已满足生效条件（如其他两方已签字/盖章且无特别约定）
   根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。若协议未明确约定“需三方均盖章生效”，且其他两方已签字/盖章，公司未盖章可能仅影响其自身作为合同主体的权利义务，但协议在公司与其他两方之间可能已部分生效（需结合协议内容判断）。
   建议：

   • 立即联系公司补盖公章或授权代表签字，明确其履行意愿；
     
   • 若公司拒绝盖章，需审查协议是否约定“未盖章的后果”（如视为放弃权利、承担违约责任等），并保留沟通记录作为证据；
     
   • 若协议涉及关键权益（如付款、保密义务），可要求公司出具书面确认函，固定其已认可协议内容的证据。

2. 若协议明确约定“需三方盖章生效”
   根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括“意思表示真实”。若协议明确将“三方盖章”作为生效要件，则公司未盖章可能导致协议整体未成立或无效，其他两方无法依据协议主张权利。
   建议：

   • 重新协商修改协议条款，降低生效门槛（如改为“两方盖章+一方签字”）；
     
   • 若公司拒绝配合，可评估是否通过其他方式固定合作意向（如补充邮件、微信记录等），但需注意此类证据的证明力可能较弱；
     
   • 谨慎履行协议内容，避免因协议未生效而承担单方履行的风险。

3. 若公司未盖章但已实际履行协议义务
   根据《民法典》第四百九十条第二款，法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。若公司虽未盖章，但已按协议约定付款、提供服务等，可主张协议已通过实际履行方式成立。
   建议：

   • 收集公司履行义务的证据（如转账记录、服务成果交付凭证等）；
     
   • 向公司发出书面催告函，要求其限期盖章确认或出具书面认可协议效力的文件；
     
   • 若公司仍拒绝，可考虑通过诉讼或仲裁确认协议效力，但需承担举证责任。

总结：公司未盖章是否影响协议效力，需结合协议条款、履行情况及法律规定综合判断。建议优先通过协商补盖或固定证据，若争议较大，可进一步向我咨询具体操作方案。