无证经营医疗器械，相关执法部门是有权进行扣押的。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与执法权限

根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，无证经营医疗器械属于严重违法行为。县级以上人民政府药品监督管理部门在执法过程中，有权对无证经营的医疗器械进行扣押，这是其依法行使职权的一部分。扣押的目的是为了防止违法行为的继续，保护公众健康和市场秩序。

扣押的具体情形与程序

1. 立即制止违法行为：

   • 执法部门在发现无证经营医疗器械的行为后，会首先责令停止经营活动，以防止继续造成潜在危害。

2. 扣押非法物品：

   • 在责令停止经营的同时，执法部门会扣押违法经营的医疗器械，确保这些非法物品不会继续流入市场，对公众健康构成威胁。

3. 后续处理：

   • 扣押后，执法部门会进一步调查取证，根据违法情节的严重程度，依法作出相应的行政处罚决定，如没收违法所得、罚款、停产停业、吊销许可证等。

可能的法律后果

无证经营医疗器械不仅面临扣押的风险，还将面临一系列严厉的行政处罚，包括但不限于：

1. 没收违法所得与医疗器械：

   • 执法部门会没收违法经营的医疗器械和违法所得，确保非法所得不会流入不法分子手中。

2. 罚款处罚：

   • 根据违法经营的医疗器械货值金额，执法部门会并处相应数额的罚款。货值金额不足1万元的，罚款金额在5万元以上15万元以下；货值金额1万元以上的，罚款金额为货值金额的10倍以上30倍以下。

3. 情节严重的额外处罚：

   • 若出现经营被依法吊销注册证或生产许可证的医疗器械、造成质量安全事故或其他情节严重的情形，将面临更严厉的处罚，如停产停业、10年内不受理相关许可申请、对责任人员处以罚款、终身禁止从事医疗器械生产经营活动等。

特殊情形下的处理

如果经营的医疗器械属于未经注册的第二类、第三类医疗器械，但经营企业履行了进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所经营的医疗器械为未经注册的，并能如实说明进货来源的，可以免除行政处罚，但经营的未经注册的医疗器械仍将被收缴。

总结与建议：无证经营医疗器械是一种严重的违法行为，不仅会对公众健康构成潜在威胁，还会扰乱市场秩序。因此，我建议企业和个人在从事医疗器械经营活动前，务必取得必要的许可证件，并严格遵守相关法律法规。如果您在医疗器械经营过程中遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。