在市场监管部门执法办案过程中，如果市场主体拒不配合调查，市场监管部门确实拥有多种合法且有效的手段来应对。以下是对此问题的详细解答：

一、教育劝导阶段

市场监管部门在初次接触拒不配合的市场主体时，会首先采取教育劝导的方式。这包括：

1. 沟通解释：详细向当事人说明调查的目的、法律依据以及不配合可能带来的法律后果，如罚款、吊销营业执照等，以争取其理解和自愿配合。
2. 政策宣传：同时，进行相关法律法规和政策的宣传教育，提升当事人的法律意识，使其认识到配合市场监管工作不仅是法律义务，也是维护自身合法权益和社会秩序的重要一环。

二、采取行政措施阶段

如果教育劝导无果，市场监管部门将依法采取一系列行政措施：

1. 责令改正：下达责令改正通知书，要求当事人在规定期限内改正行为，并提供市场监管部门所需的所有材料和信息。
2. 证据保全：在当事人可能隐匿、销毁或转移证据的情况下，市场监管部门有权依据《中华人民共和国行政强制法》等法律规定，采取查封、扣押等证据保全措施，以确保调查的顺利进行。
3. 暂停经营活动：对于涉及公共安全、人身健康等特殊行业的经营活动，如果当事人拒不配合调查，市场监管部门有权依法暂停其相关经营活动，以防止潜在危害的发生。

三、给予行政处罚阶段

如果当事人仍然拒不配合，且其行为构成违法，市场监管部门将依法给予行政处罚：

1. 罚款：根据具体违法行为的性质、情节等因素，市场监管部门可对拒不配合的当事人处以一定数额的罚款。例如，在价格违法行为中，可依据《中华人民共和国价格法》的相关规定进行罚款。
2. 吊销营业执照：对于情节严重、屡教不改的当事人，市场监管部门有权依法吊销其营业执照，剥夺其从事相关经营活动的资格。

四、申请司法协助阶段

如果当事人的行为严重阻碍调查工作，甚至构成犯罪，市场监管部门将依法将案件移送司法机关处理：

1. 情况分析：市场监管部门会对当事人的行为进行全面分析，判断其是否构成犯罪或严重阻碍调查工作。
2. 具体措施：一旦确认，市场监管部门将按照相关程序和规定，收集整理案件证据材料，并撰写案件移送书，将案件移送至有管辖权的公安机关或检察机关。例如，如果当事人暴力抗拒执法检查，涉嫌妨害公务罪，市场监管部门应及时将案件移送公安机关。

总结与建议：

当事人在面对市场监管部门的调查时，应积极配合以避免不必要的法律后果。市场监管部门拥有完善的法律法规支持，能够采取多种措施来确保调查的顺利进行。因此，建议当事人在收到调查通知后，及时与市场监管部门沟通，提供所需材料和信息，以维护自身的合法权益和社会秩序。同时，市场监管部门也应继续加强法律法规的宣传教育，提高市场主体的法律意识，共同营造一个公平、公正、有序的市场环境。