核心结论：结婚三年发现对方有第三者，您可以通过诉讼方式起诉离婚，在起诉时需准备相关证据证明对方存在过错，同时可主张损害赔偿及争取更有利的财产分割、子女抚养等权益。以下为详细说明：

1. 起诉离婚的流程

   • 准备起诉材料：您需要撰写民事起诉状，明确诉讼请求（如请求判决离婚、子女抚养权归属、财产分割方案、损害赔偿等），同时准备好您的身份证、结婚证等身份及婚姻关系证明材料。
   • 收集证据：重点收集能证明对方存在婚外情（与第三者有不正当关系）的证据，例如对方与第三者的亲密照片、视频、聊天记录、开房记录、证人证言等。这些证据对于证明对方存在过错以及您在后续主张损害赔偿等方面至关重要。
   • 向法院提起诉讼：携带起诉状及相关证据材料到被告住所地（一般指被告户籍所在地，若被告离开户籍所在地连续居住一年以上的地方为其经常居住地，则到经常居住地法院起诉）的基层人民法院立案庭提交材料，办理立案手续。法院受理案件后，会向被告送达起诉状副本等法律文书，并安排开庭时间。
   • 参加庭审：在庭审过程中，您需要按照法官的指引进行陈述、举证、质证、辩论等环节，充分阐述您的诉求及理由，并针对对方的答辩进行回应。
   • 等待判决：庭审结束后，法院会根据双方提交的证据、陈述等情况进行审理，并作出判决。如果法院认为夫妻感情确已破裂，会判决准予离婚；如果认为夫妻感情尚未破裂，可能会判决不准离婚。若对一审判决不服，您可以在规定期限内提起上诉。

2. 关于损害赔偿

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千零九十一条规定，有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：（一）重婚；（二）与他人同居；（三）实施家庭暴力；（四）虐待、遗弃家庭成员；（五）有其他重大过错。如果对方与第三者的关系符合上述“与他人同居”（有配偶者与婚外异性，不以夫妻名义，持续、稳定地共同居住）或者构成“其他重大过错”的情形，您作为无过错方，在起诉离婚时可以同时主张损害赔偿，赔偿金额会根据对方的过错程度、您的受损情况等因素由法院综合判定。

3. 关于财产分割和子女抚养

   • 财产分割：在离婚诉讼中，夫妻共同财产原则上平均分割，但如果对方存在过错（如出轨），在分割财产时，法院可能会根据具体情况，对无过错方适当多分财产，以体现对过错方的惩罚和对无过错方的保护。
   • 子女抚养：如果有子女，法院会根据子女的权益和双方的具体情况判决。一般来说，两周岁以下的子女，原则上归女方抚养；两周岁以上八周岁以下的子女，法院会综合考虑双方的经济条件、抚养能力、教育背景、与子女的感情等因素进行判决；八周岁以上的子女，法院会尊重子女的真实意愿。同时，不直接抚养子女的一方需要支付抚养费，抚养费的数额根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定。

如果您在起诉离婚过程中遇到任何问题，比如证据收集困难、对法律程序不熟悉等，都可以直接向我咨询，我会为您提供详细的法律指导和帮助。