针对“民营企业截留事业单位资金如何处理”这一问题，我们可以从法律框架、处理流程以及责任追究三个方面进行详细解答。
一、法律框架
首先，需要明确的是，民营企业截留事业单位资金的行为，本质上属于财政违法行为的范畴。根据《财政违法行为处罚处分条例》的相关规定，无论是国家机关、事业单位、社会团体，还是其他社会组织（包括民营企业，若其涉及财政资金的使用或管理），一旦存在截留、挪用财政资金的行为，都将受到法律的制裁。
二、处理流程
发现与立案：
- 财政部门、审计机关或相关监管机构在发现民营企业截留事业单位资金的违法行为后，会进行初步审查，并决定是否立案。
调查取证：
- 对立案的案件，相关部门会指定专人负责，及时调查取证。调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述，并作记录。同时，执法人员需保守有关秘密，确保调查的公正性和客观性。
审查与告知：
- 审核检查结果后，相关部门会对认定检查结论的事实、证据、法律适用等方面进行审查，并提出处理意见。在作出行政处罚决定前，会制作《行政处罚通知书》送达当事人，告知其违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
决策与决定：
- 对于重大行政处罚，相关部门会依照规定进行集体讨论，做出具体处罚内容的决策。随后，制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或听证情况等内容。
送达与执行：
- 行政处罚决定书会按照法律规定的方式送达当事人。依照生效的行政处罚决定，相关部门会执行责令改正、罚款等处罚项目，确保违法行为的得到纠正。
三、责任追究
对单位的处罚：
- 根据《财政违法行为处罚处分条例》，对截留、挪用财政资金的单位，相关部门会责令其改正，调整有关会计账目，追回被截留、挪用的资金，并可能给予警告或通报批评的处罚。
对个人的处罚：
- 对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，相关部门会根据其违法情节的轻重，给予记大过、降级、撤职或开除等处分。若其行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
四、特别说明
- 需要注意的是，虽然上述流程主要基于财政违法行为的处理框架，但具体到民营企业截留事业单位资金的情况，可能还需结合相关合同、协议以及民事法律关系进行综合判断和处理。
- 若民营企业与事业单位之间存在合同关系，且截留资金行为违反了合同约定，事业单位还可以通过民事诉讼等途径维护自身权益。
综上所述，民营企业截留事业单位资金的行为将受到法律的严厉制裁。相关部门会依法进行调查取证、审查决策，并对违法单位和个人进行相应的处罚。同时，事业单位也应加强内部管理，完善资金监管机制，防止类似事件的发生。