针对您提出的“民营企业公款私存（这里理解为公款私用，即挪用或侵占企业资金）如何处理”的问题，这是一个既涉及法律层面又关乎企业内部管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的处理
明确法律责任：
- 挪用资金罪：若企业工作人员利用职务便利，挪用本单位资金归个人使用或借贷他人，数额较大且超过三个月未还，或进行营利活动、非法活动的，将构成挪用资金罪，面临三年以下有期徒刑至七年以上有期徒刑不等的刑罚。
- 职务侵占罪：若以非法占有为目的，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，则构成职务侵占罪，将面临三年以下至十年以上有期徒刑，并处罚金。
法律程序：
- 企业发现公款私用后，应立即向公安机关报案，由公安机关立案并展开调查，收集证据。
- 案件移送检察机关审查后，决定是否提起公诉；法院最终根据证据审理判决。
民事赔偿：
- 企业有权要求挪用公款的行为人返还挪用的资金，并赔偿因此给企业造成的损失，包括直接损失和间接损失。
二、企业内部管理层面的处理
立即内部调查：
- 发现公款私用迹象时，企业应迅速启动内部调查，详细审查财务记录，明确事实真相，并收集相关证据。
追回被挪用资金：
- 与涉事人员协商还款，或通过法律途径追讨，确保资金及时回归企业账户，减少损失。
纪律处分与法律措施：
- 根据行为性质与严重程度，对涉事人员给予警告、降职、辞退等纪律处分。
- 若构成犯罪，则依法追究刑事责任，绝不姑息。
建立健全规章制度：
- 明确资金使用审批流程与权限，制定严格的财务管理制度，防止管理漏洞。
- 例如，可以设定不同金额级别的审批流程，确保资金使用的合规性。
加强监督与审计：
- 设立内部审计部门或聘请外部审计机构，定期审计企业财务，及时发现并纠正违规行为。
- 鼓励员工举报违规行为，并提供保护机制，形成内部监督的良好氛围。
持续预防与改进：
- 通过加强内部控制和监管机制，提高财务管理水平，降低财务风险。
- 定期培训员工，增强法律意识与职业道德，构建诚信企业文化，从根本上预防公款私用行为的发生。
三、外部监管与协作
接受政府监管：
- 企业应积极配合政府相关部门的监管工作，如实提供有关公款使用的信息和资料，确保合规经营。
寻求法律援助：
- 在处理公款私用问题时，企业可以寻求专业律师的法律援助，确保自身权益得到充分保障，并依法维护企业利益。
建立举报机制：
- 鼓励员工和社会公众对企业内部的公款私用行为进行举报，形成全社会共同监督的良好氛围，共同维护市场经济秩序和法治环境。
综上所述，处理民营企业公款私用问题需要法律手段与企业内部管理并重。企业应建立健全的财务管理制度，加强监督与审计，同时一旦发现问题应迅速采取行动追回资金、严惩违规者，并持续改进预防措施以确保企业的健康发展和股东利益的保护。