在为员工申报工伤时，负责的部门主要是社会保险行政部门。具体来说，根据相关规定，职工所在单位应当自事故伤害发生之日（含发生事故下落不明）或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内（不含事故当日），向参加工伤保险所在地市、县（区）的社会保险行政部门提出工伤认定申请。

如果用人单位未按照规定提出工伤认定申请，那么该职工或者其近亲属、工会组织也有权在事故伤害发生之日或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病之日起一年内，直接向用人单位参加工伤保险所在地市、县（区）的社会保险行政部门提出工伤认定申请。

对于未参加工伤保险的情况，则应向用人单位生产经营所在地市、县（区）的社会保险行政部门提出工伤认定申请。

此外，我还想补充一些相关信息以帮助您更好地理解工伤认定的流程。社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，会进行调查核实，并根据调查结果作出工伤认定决定。这个决定对于职工后续的工伤待遇享受至关重要，因此，在申报工伤时，请确保提供准确、完整的材料，并积极配合社会保险行政部门的调查工作。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他关于工伤认定或工伤保险的问题，欢迎随时向我提问。