您好，关于您提出的“扫描件有公司盖章和甲方签字是否有效”的问题，这确实是一个涉及法律证据效力的关键问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，扫描件本身并不等同于合同原件。扫描件是通过技术手段对合同原件进行扫描或拍照后得到的复制件，它虽然可以重现合同的内容，但在法律证据的效力上，与原件存在显著差异。
扫描件的法律属性：
- 扫描件属于复印件的一种，它经历了对被扫描文件的扫描、录入电脑、转换格式、传输、接收、打印等一系列过程。这些过程中，扫描件是有可能被技术手段进行篡改的，因此它并不具有合同原件那种不可更改性和直接证明力。
扫描件在司法实践中的效力：
- 在司法实践中，如果仅提供扫描件作为证据，除非对方认可，否则它不能单独作为认定案件事实的证据。这是因为扫描件无法与原件进行直接核对，其真实性和完整性无法得到保证。
- 根据《民事诉讼法》和《民事证据规定》的相关规定，书证应当提供原件，无法与原件核对的复制件、复制品不能单独作为认定案件事实的根据。
扫描件在何种情况下可能具有原件的效力：
- 如果在网络传输扫描件的过程中，形成了符合条件的电子数据证据，如通过电子邮件、微信等网络传输方式沟通往来扫描件的传输过程，并形成了相应的聊天记录等电子数据，这些电子数据在符合一定条件下（如能够证明其真实性和完整性，且未被篡改）可以被视为电子数据的原件，从而具有与原件相似的证据效力。
- 但需要注意的是，即使形成了电子数据证据，也需要提交原件或与原件一致的副本，或者能够直接来源于电子数据的打印件或其他可以显示、识别的输出介质，才能被视为电子数据的原件。
对于您问题的直接回答：
- 扫描件上有公司盖章和甲方签字，这并不能直接使其具有与原件相同的法律效力。除非该扫描件在传输过程中形成了符合条件的电子数据证据，并且该电子数据证据能够被法院认定为原件或具有与原件相似的证据效力。
综上所述，扫描件虽然可以重现合同的内容，但在法律证据的效力上并不等同于原件。如果您需要确保合同的法律效力，建议尽可能使用合同原件进行签署和保存。如果确实需要使用扫描件作为证据，请确保其传输过程中形成了符合条件的电子数据证据，并尽可能提供其他辅助证据来证明其真实性和完整性。