鉴定被推翻后，法院通常会根据案件具体情况重新审查事实、组织重新鉴定或直接作出裁判，具体处理方式需结合案件阶段和鉴定类型综合判断。以下分情况详细说明：
1. 鉴定被推翻后，法院可能启动重新鉴定程序
若原鉴定意见因程序违法（如鉴定机构资质不符、鉴定人未回避）、依据不足（如鉴定材料不完整、技术方法错误）或结论明显不合理（如与案件其他证据矛盾）被推翻，法院可能依职权或根据当事人申请，委托其他有资质的鉴定机构重新鉴定。
法律依据：
- 《民事诉讼法》第81条：当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定，法院认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人。
- 《司法鉴定程序通则》第31条：若原鉴定意见存在瑕疵或错误，司法鉴定机构可补正或重新鉴定。
实务要点：
- 重新鉴定需严格审查鉴定机构的资质、鉴定人的专业能力及鉴定程序的合法性，避免“重复鉴定”或“鉴定矛盾”导致案件久拖不决。
- 若当事人对重新鉴定意见仍有异议，法院可能组织专家辅助人（如技术顾问）出庭质证，或要求鉴定人出庭说明。
2. 法院可能结合其他证据直接认定事实，不再启动鉴定
若鉴定意见虽被推翻，但案件其他证据（如书证、物证、证人证言、视听资料等）已形成完整证据链，足以证明待证事实，法院可能直接依据其他证据作出裁判，不再委托重新鉴定。
法律依据：
- 《民事诉讼法解释》第105条：法院应当按照法定程序，全面、客观地审核证据，依照法律规定，运用逻辑推理和日常生活经验法则，对证据有无证明力和证明力大小进行判断。
实务要点：
- 例如，在医疗损害纠纷中，若原鉴定意见因“未考虑患者个体差异”被推翻，但病历记录、诊疗规范、专家论证等证据已充分证明医疗机构存在过错，法院可能直接认定医疗机构承担责任。
- 法院需在裁判文书中详细说明“不重新鉴定”的理由，避免因证据认定不清引发上诉或再审。
3. 若鉴定被推翻导致原判决错误，法院可能启动再审程序
若鉴定意见是原判决的主要依据，且该鉴定被推翻后足以推翻原判决结果（如刑事案件中“罪与非罪”的鉴定、民事案件中“责任比例”的鉴定），当事人可申请再审，法院审查后可能裁定再审。
法律依据：
- 《民事诉讼法》第207条：当事人的申请符合“原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的”或“据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或者变更的”情形，法院应当再审。
实务要点：
- 再审程序中，法院可能委托重新鉴定，或直接采纳新证据（如另一份合法鉴定意见）改判。
- 例如，在建设工程纠纷中，原鉴定意见因“工程量计算错误”被推翻，导致原判决工程款金额错误，法院可能再审后调整判决金额。
4. 特殊情形：鉴定被推翻后，法院可能要求鉴定人承担责任
若鉴定人因故意或重大过失出具错误鉴定意见，导致当事人损失，法院可能向司法行政部门提出司法建议，要求对鉴定人或鉴定机构处罚（如警告、暂停执业、吊销资质）；当事人也可另行起诉鉴定人要求赔偿。
法律依据：
- 《司法鉴定人登记管理办法》第30条：司法鉴定人有“因严重不负责任给当事人合法权益造成重大损失”等情形的，由省级司法行政机关给予停止执业、罚款等处罚。
- 《民法典》第1218条：患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构或其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任（类推适用于鉴定人过错责任）。
总结：鉴定被推翻后，法院的处理方式取决于鉴定意见在案件中的作用、其他证据的充分性及鉴定错误的原因。若您遇到具体案件中鉴定被推翻的问题，可进一步提供案件类型（如刑事、民事）、鉴定类型（如法医鉴定、工程造价鉴定）及推翻理由，我可结合实务经验为您分析法院可能的处理路径。