违法分包中签署的清算协议，其效力需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、违法分包的法律性质
违法分包，通常指的是承包单位违反法律法规的规定，将其承包的工程分包给不具备相应资质条件的单位或者个人，或者分包单位将其承包的工程再分包的行为。这种行为违反了《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的强制性规定，因此，违法分包行为本身是无效的。
二、清算协议的效力分析
清算协议内容合法且不违反公序良俗：
- 如果清算协议的内容仅涉及对违法分包工程已经完成部分的结算、支付等合法事项，且该协议不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该清算协议在双方当事人之间是具有法律效力的。它可以作为双方结算工程款项、解决纠纷的依据。
清算协议内容违法或存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果清算协议的内容涉及违法分包工程的继续履行、违法所得的分配等违法事项，或者该协议是在一方欺诈、胁迫的情况下签订的，那么该清算协议是无效的。因为违法事项不受法律保护，而欺诈、胁迫等情形则违反了《中华人民共和国民法典》中关于民事法律行为效力的规定。
清算协议部分有效、部分无效：
- 在某些情况下，清算协议可能部分内容合法、部分内容违法。例如，协议中关于已完成工程量的结算部分可能是合法的，而关于未来继续合作或违法所得分配的部分则是违法的。在这种情况下，清算协议中合法的部分仍然有效，而违法的部分则无效。
三、法律建议
对于承包单位：
- 应严格遵守法律法规，避免违法分包行为。如果已经发生了违法分包，应尽快与分包单位进行协商，通过合法途径解决纠纷，避免签订可能无效的清算协议。
对于分包单位或实际施工人：
- 在签署清算协议前，应仔细审查协议内容，确保协议不涉及违法事项，且是在平等、自愿的基础上签订的。如果发现协议存在违法或欺诈、胁迫等情形，应及时拒绝签署，并通过法律途径维护自己的合法权益。
对于双方当事人：
- 如果已经签署了清算协议，但发现协议存在无效情形，应及时向法院或仲裁机构申请确认协议无效，并重新协商或通过法律途径解决纠纷。
综上所述，违法分包中签署的清算协议的效力需根据具体情况来判断。如果协议内容合法且不违反公序良俗，则具有法律效力；如果协议内容违法或存在欺诈、胁迫等情形，则无效；如果协议部分合法、部分违法，则合法部分有效，违法部分无效。在处理此类问题时，建议双方当事人咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到保护。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。