水利工程违法分包中签订的协议无效。以下是对此问题的详细分析：

一. 违法分包行为的法律性质

根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，民事法律行为有效的条件之一是不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。违法分包行为违反了《中华人民共和国建筑法》及《民法典》中关于建设工程分包的强制性规定，属于违法民事行为。

二. 违法分包合同的效力

1. 合同无效的依据

   • 《民法典》第一百五十三条：违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。违法分包合同因违反法律的强制性规定，自始无效。
   • 《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条：承包人因转包、违法分包建设工程与他人签订的建设工程施工合同，应当依据民法典第一百五十三条第一款及第七百九十一条第二款、第三款的规定，认定无效。

2. 无效合同的法律后果

   • 无效合同自始无法律约束力，无需履行义务。
   • 过错方需承担赔偿责任，基于无效合同获取的财产需归还或折价。
   • 部分无效不影响其他有效部分，但在此类违法分包合同中，通常整个合同被视为无效。

三. 水利工程违法分包的特殊性

水利工程作为关系国计民生的重要工程，其建设过程中的合法合规性尤为重要。违法分包不仅违反了法律法规，还可能对工程质量、施工安全等方面造成严重影响，损害国家利益和社会公共利益。

• 例如，在水利工程中，如果承包人未经发包人同意擅自将工程分包给不具备相应资质的单位，不仅合同无效，还可能因工程质量问题导致严重后果，如决堤、溃坝等，给人民生命财产带来巨大损失。

四. 结论与建议

综上所述，水利工程违法分包中签订的协议无效。对于此类合同，当事人应及时采取措施，避免损失扩大，并依法追究过错方的责任。

我建议，当事人在签订水利工程分包合同时，应严格遵守法律法规，确保合同合法有效。同时，相关部门也应加强监管，严厉打击违法分包行为，维护工程建设市场的正常秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。