结论：针对您提出的“房产证单独所有已经合法过户，非夫妻关系第三方未确权怎么办”的问题，这主要涉及到房产过户后的确权问题以及可能存在的法律纠纷。以下是从不同角度为您提供的详细解答。
一、房产过户后的确权问题
房产证单独所有与过户效力：
- 房产证上标注为“单独所有”，意味着该房产的产权归属于房产证上记载的单一权利人。在合法过户后，该房产的产权即转移至新的权利人名下，过户行为具有法律效力。
非夫妻关系第三方的确权问题：
- 如果非夫妻关系的第三方声称对该房产有权益，但并未在房产证上体现，且未通过合法途径（如赠与、继承、买卖等）获得产权，那么该第三方通常不具有对该房产的直接确权权利。
- 若第三方认为其权益受到侵害，应首先通过协商、调解等方式尝试解决。若协商无果，可考虑通过法律途径（如提起诉讼）来维护自己的权益。但在此之前，第三方需要收集充分的证据来证明其对该房产的权益主张。
二、可能存在的法律纠纷及解决方式
产权纠纷：
- 如果第三方主张其对该房产有产权，而房产证上并未体现，这可能引发产权纠纷。在此情况下，建议通过法律途径解决，如向法院提起确权之诉。
- 法院将根据双方提供的证据和法律规定，对房产的产权归属进行裁决。若第三方无法提供充分证据证明其产权主张，法院可能不会支持其诉求。
合同纠纷：
- 如果房产过户是基于某种合同关系（如买卖合同、赠与合同等），而第三方认为该合同存在瑕疵或无效情形，可能引发合同纠纷。
- 在此情况下，第三方可以依据合同法的相关规定，向法院提起诉讼，要求确认合同无效或撤销合同，并可能要求赔偿损失。但同样需要提供充分证据来支持其主张。
三、建议与措施
核实房产证信息：
- 确保房产证上的信息准确无误，包括产权人、房产地址、面积等关键信息。
保留相关证据：
- 如果涉及任何与房产相关的交易或协议，务必保留好相关证据，如合同、转账记录、沟通记录等。
寻求法律帮助：
- 如果第三方提出确权要求或引发法律纠纷，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并制定合适的应对策略。
考虑和解或调解：
- 在法律纠纷发生前或诉讼过程中，可以考虑通过和解或调解的方式解决争议，以节省时间和成本。
四、特别提醒
- 房产确权问题涉及复杂的法律关系和证据收集，建议非专业人士不要轻易自行处理，以免因操作不当而损害自己的权益。
- 如果您或第三方对房产确权问题存在疑问或争议，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。