结论前置：运营车发生事故后，保险公司是否扣车取决于事故具体情况、保险合同约定及法律规定，并非所有事故都会被扣车。以下分情况详细说明：

1. 事故责任与保险理赔流程
   若事故责任明确且属于保险理赔范围（如车辆损失险、第三者责任险等），保险公司通常不会直接扣车。其核心流程为：车主报案→保险公司定损→维修或赔偿。但需注意：

   • 若事故涉及重大损失、人员伤亡或存在保险欺诈嫌疑，保险公司可能要求暂扣车辆以配合调查（如核实事故真实性、评估损失程度），此时扣车行为具有合理性，但需符合《保险法》及合同约定。
     
   • 若车主未及时报案或提供虚假信息，保险公司可能拒绝理赔并要求扣车调查，此时扣车属于风险控制措施。

2. 交警部门的行政扣车
   根据《道路交通安全法》第七十二条，交警部门在事故调查期间有权扣留车辆，但需满足以下条件：

   • 事故造成人员伤亡或重大财产损失；
     
   • 需通过技术鉴定（如车速、刹车痕迹等）确定事故责任；
     
   • 当事人逃逸或拒绝配合调查。
     与保险公司无关：交警扣车是行政行为，目的是调查事故责任，而非保险理赔。即使车辆被交警扣留，保险公司仍需按合同约定处理理赔事宜。

3. 保险合同中的特别约定
   部分保险合同可能约定“事故后需配合保险公司查勘，否则可能影响理赔”，但此类条款通常不直接授权保险公司扣车。若保险公司以“查勘需要”为由扣车，需审查合同条款是否明确约定此权利，否则可能涉嫌侵权。

建议：

• 发生事故后，立即报警并通知保险公司，按流程配合调查；
  
• 若车辆被扣，要求扣车方出具书面依据（如交警的《扣留车辆通知书》或保险公司的调查函）；
  
• 对扣车行为有异议时，可依法申请行政复议或提起诉讼。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。