关于小开荒退耕还林后村上收取林地承包费是否合法的问题，这主要取决于多个因素，包括土地的性质、承包合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
土地性质与承包合同：
- 如果小开荒的土地原本属于集体所有，且在退耕还林前已经通过合法程序承包给了个人或单位，那么承包方在承包期内享有土地的使用权，并有权按照合同约定进行经营。在此情况下，村上若未经承包方同意，擅自收取林地承包费，可能构成对承包方权益的侵犯，除非合同中有明确约定或法律法规另有规定。
- 如果小开荒的土地在退耕还林后，其性质发生了变化，比如由集体土地转变为国家所有，或者承包合同已经到期且未续签，那么村上可能基于新的土地管理规定或集体决策，对林地承包费进行调整或收取。但即便如此，也需确保程序合法，且符合相关法律法规的规定。
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，承包方在承包期内享有土地承包经营权，有权依法自主组织生产经营和处置产品，任何组织和个人不得侵犯。如果村上收取林地承包费的行为违反了该法或其他相关法律法规的规定，那么该行为可能是不合法的。
- 同时，也要关注地方性法规或规章中关于退耕还林后土地管理和承包费收取的具体规定。这些规定可能因地区而异，因此需要具体分析。
实际操作与程序合法性：
- 即便村上有权收取林地承包费，也需确保收取程序合法，比如通过村民会议或村民代表会议进行民主决策，确保决策过程公开透明，且符合相关法律法规的规定。
- 如果村上在收取林地承包费时未遵循法定程序，或者未与承包方进行充分协商，那么该行为可能因程序不合法而受到质疑。
建议：
- 如果您作为承包方认为村上收取林地承包费的行为不合法，可以先与村上进行沟通协商，了解收取费用的具体依据和程序。
- 如果沟通无果，您可以向当地乡镇政府或农村土地承包仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，建议您保留好相关证据，比如承包合同、缴费通知、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
总结来说，小开荒退耕还林后村上收取林地承包费是否合法，需根据土地性质、承包合同约定以及相关法律法规的规定进行综合判断。如果您对此有疑问或认为自己的权益受到侵犯，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。