结论前置：董事长和董秘发生不正当关系，在一般情况下，并不直接构成需要披露的关联关系，但若这种关系导致了利益输送、影响公司决策公正性等特殊情况，则可能需要根据相关法律法规和公司章程进行披露。
详细分析：
关联关系的定义与披露要求：
- 关联关系通常指的是公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员与其直接或者间接控制的企业之间的关系，以及可能导致公司利益转移的其他关系。这种关系的披露，主要是为了保护公司股东和其他利益相关者的权益，防止内部人利用关联关系进行不正当的利益输送。
- 在一般的公司治理和证券监管框架下，关联关系的披露主要关注于经济利益上的关联，如股权关系、债权关系、亲属关系（如直系亲属、主要社会关系等）等，这些关系可能直接影响公司的决策和利益分配。
不正当关系与关联关系的区别：
- 不正当关系，如董事长和董秘之间的私人情感关系，并不直接构成经济利益上的关联关系。除非这种关系导致了实际的利益输送或影响了公司决策的公正性，否则通常不被视为需要披露的关联关系。
- 然而，如果这种不正当关系被利用来影响公司决策，或者导致了公司资源的不当分配，那么这种关系就可能间接构成需要披露的关联关系，因为它可能损害了公司和其他股东的利益。
特殊情况下的披露要求：
- 如果董事长和董秘之间的不正当关系导致了公司内部的利益冲突，或者影响了公司决策的公正性和透明度，那么根据相关法律法规和公司章程，这种关系可能需要被披露。
- 此外，如果这种关系被外部监管机构或媒体曝光，且对公司形象和声誉造成了负面影响，公司也可能需要主动披露相关信息，以维护公司形象和股东利益。
法律建议：
- 对于公司而言，应建立健全的内部控制和治理机制，防止内部人利用不正当关系进行利益输送或影响公司决策。
- 如果发现董事长和董秘之间存在不正当关系，且这种关系可能对公司利益造成损害，公司应及时采取措施进行调查和处理，并根据需要披露相关信息。
- 对于股东和其他利益相关者而言，应密切关注公司的治理结构和决策过程，及时发现并纠正可能存在的利益输送和不正当行为。
后续行动建议：如果您作为公司股东或利益相关者，发现董事长和董秘之间存在不正当关系，且担心这种关系可能对公司利益造成损害，建议您及时与公司董事会或监事会沟通，要求公司进行调查并披露相关信息。如有需要，您也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。