结论：宅基地建造养殖场合规后，政府收取管理费是否合法，需根据具体情况判断，包括管理费的性质、收取依据以及是否符合相关法律法规的规定。以下从多个角度进行分析：
一、管理费的性质与收取依据
行政事业性收费：
- 如果政府收取的管理费属于行政事业性收费，那么必须依据法律、行政法规、地方性法规的规定进行收取，且需经过严格的审批程序。这类收费通常用于特定的行政管理目的，如环境卫生管理、资源管理等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国价格法》和《行政事业性收费标准管理暂行办法》等相关规定，行政事业性收费必须合法、合理、公开，且不得擅自提高收费标准或扩大收费范围。
服务性收费：
- 如果政府或相关部门提供了特定的服务，如养殖技术指导、疫病防控等，并因此收取管理费，那么这种收费可能属于服务性收费。服务性收费通常基于双方自愿的原则，且收费标准应合理透明。
- 注意点：服务性收费需确保服务内容的真实性和质量，且不得强制收取。
二、合法性判断
有合法依据：
- 如果政府收取的管理费有明确的法律、行政法规或地方性法规作为依据，且符合相关审批程序，那么这种收费是合法的。
- 示例：某些地区可能根据地方性法规，对在宅基地上建造养殖场的行为收取一定的环境管理费或资源使用费。
无合法依据或程序违法：
- 如果政府收取的管理费没有明确的法律依据，或者未经合法审批程序，那么这种收费是违法的。
- 后果：对于违法的收费行为，养殖场主有权拒绝缴纳，并可以向相关部门投诉或寻求法律救济。
三、建议与行动
核实收费依据：
- 养殖场主应首先核实政府收取管理费的依据，包括查看相关法律法规、政策文件或政府公告等。
咨询与沟通：
- 如果对收费依据或收费标准有疑问，养殖场主可以主动与政府相关部门进行沟通，要求解释收费的具体原因和依据。
法律救济：
- 如果认为政府收费行为违法或不合理，养殖场主可以向当地的价格主管部门、财政部门或上级政府进行投诉，或者通过行政复议、行政诉讼等法律途径寻求救济。
进一步思考：在宅基地上建造养殖场，除了关注管理费的合法性外，养殖场主还应确保养殖场的建造和使用符合土地管理、环境保护、动物防疫等相关法律法规的规定，以避免因违法违规行为而引发的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。