结论：合同中约定统一指挥和管理并收取管理费是否合法有效，需结合合同性质、双方约定及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同性质与约定内容

• 合法性前提：若合同双方为平等民事主体，且约定内容不违反法律、行政法规的强制性规定（如《民法典》第143条关于民事法律行为效力的规定），则统一指挥和管理的约定本身具有合法性。
• 管理费性质：管理费需明确为对提供管理服务的对价，而非变相收取不合理费用。例如，在建设工程合同中，总承包方对分包方的统一管理可能包含技术指导、安全监督等服务，收取管理费需与实际服务内容匹配。
• 风险提示：若管理费约定模糊或与服务内容脱节，可能被认定为“霸王条款”或“显失公平”，导致条款无效（如《民法典》第497条关于格式条款无效的情形）。

2. 法律关系与权利义务

• 委托管理关系：若合同明确约定一方委托另一方进行统一管理（如物业管理合同），则管理费为委托费用，需符合《民法典》第919条至第933条关于委托合同的规定，包括费用支付方式、违约责任等。
• 合作或合伙关系：在合作合同中，统一管理可能涉及共同经营决策，管理费需与各方出资比例、风险承担等挂钩，否则可能因权利义务失衡引发纠纷。
• 劳动关系例外：若统一指挥涉及劳动关系（如用人单位对员工的管理），则管理费可能因违反《劳动合同法》中关于工资支付、禁止克扣的规定而无效。

3. 行业惯例与公平性

• 行业特殊性：某些行业（如建筑、物流）存在统一管理的惯例，管理费标准可能参考行业规范或政府指导价。例如，建设工程中管理费通常按工程总造价的百分比计算，但需以实际投入为限。
• 公平性审查：法院或仲裁机构可能依据《民法典》第6条“公平原则”审查管理费是否合理。若管理费显著高于市场水平或未实际提供服务，可能被调减或驳回。

4. 实务建议

• 明确约定：在合同中详细列明管理费的具体用途（如人员工资、设备采购）、计算方式（如固定金额或比例）及支付条件（如分期支付或验收后支付）。
• 留存证据：提供管理服务的方需保留服务记录（如会议纪要、支出凭证），以证明管理费与实际服务匹配。
• 争议解决：若发生纠纷，可依据合同约定选择仲裁或诉讼，并主张调整不合理费用（如《民法典》第533条情势变更原则）。

示例：
A公司（总承包方）与B公司（分包方）签订建设工程分包合同，约定A公司统一管理施工安全、技术指导，并按工程总价的5%收取管理费。后B公司主张管理费过高。法院可能审查A公司是否实际提供管理服务（如派驻管理人员、组织安全培训），若服务到位则支持管理费；若未提供服务，则可能驳回或调减费用。

进一步行动建议：
若您涉及具体合同纠纷，建议提供合同文本及争议细节，以便进一步分析管理费条款的合法性及风险点。