结论：房屋有违章建筑，过了10年后城管再启动立案调查执行，在一般情况下是合法的，但也存在特殊情况可能影响其合法性。以下从不同角度进行分析：

合法性的一般情况

1. 法律依据与追诉时效

   • 根据《行政处罚法》等相关法律法规，对于违章建筑的查处，并没有明确规定一个具体的追诉时效期限（不同于刑事犯罪中的追诉时效）。行政机关对于发现的违法行为，有权依法进行查处，不受时间长久的影响。因此，从法律条文的角度来看，城管部门在发现违章建筑后，无论经过多长时间，都有权启动立案调查程序。

2. 行政执法的连续性

   • 行政执法是一个持续的过程，行政机关有责任对违法行为进行监督和管理。即使违章建筑已经存在多年，只要其违法状态持续存在，行政机关就有权进行查处。这种连续性确保了行政执法的有效性和权威性。

可能影响合法性的特殊情况

1. 行政机关的怠于行使职权

   • 如果城管部门在发现违章建筑后，长时间未采取任何行动，且没有合理的理由（如正在进行调查、等待相关证据等），那么其后续启动立案调查程序可能会受到质疑。在这种情况下，违章建筑的所有者或使用者可能会主张城管部门怠于行使职权，从而要求撤销或变更相关行政行为。然而，这种主张的成功与否，还需要根据具体情况和证据来判断。

2. 违章建筑状态的变化

   • 如果违章建筑在长时间内已经发生了显著的变化（如被部分拆除、改建或扩建等），或者其违法性质已经因为新的法律法规的出台而发生了变化，那么城管部门在启动立案调查程序时，需要充分考虑这些变化对案件处理的影响。例如，如果违章建筑已经被部分拆除，且剩余部分已经符合相关规划要求，那么城管部门可能不再需要对其进行查处。

3. 法律程序的合规性

   • 城管部门在启动立案调查程序时，必须严格遵守相关法律程序。如果其在调查过程中存在程序违法（如未依法告知当事人权利、未依法听取当事人陈述和申辩等），那么其后续作出的行政行为可能会被依法撤销或变更。

法律建议

• 对于违章建筑的所有者或使用者：如果收到城管部门的立案调查通知，应积极配合调查，并主动提供相关证据和资料。如果认为城管部门的查处行为存在违法或不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
• 对于城管部门：在启动立案调查程序时，应确保程序的合法性和合规性，充分听取当事人的陈述和申辩，并依法作出公正、合理的行政决定。同时，也应加强对违章建筑的日常巡查和监管，及时发现并处理违法行为。

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