在意向性协议与正式合同均有效且内容不冲突的情况下，通常正式合同生效后，意向性协议中未被覆盖的部分可能仍有效，但具体需根据两份协议的内容及约定来判断；若两者存在冲突，一般以正式合同为准。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议与合同的性质及生效条件

1. 意向性协议：

   • 性质：意向性协议，也称为预约合同或初步协议，是双方当事人就未来签订正式合同所达成的初步意向和安排。它通常不包含正式合同的所有条款，而是就一些关键事项，如交易标的、价格、数量、履行期限等达成初步共识。
   • 生效条件：意向性协议自双方当事人签字或盖章之日起生效，除非协议中另有约定。它本身并不直接产生合同权利和义务，而是为后续签订正式合同奠定基础。

2. 正式合同：

   • 性质：正式合同是双方当事人就特定交易或事项所达成的具有法律约束力的协议。它详细规定了双方的权利和义务，是双方履行交易或事项的依据。
   • 生效条件：正式合同同样自双方当事人签字或盖章之日起生效，除非法律另有规定或合同中另有约定（如附条件或附期限的合同）。

二、两份协议的效力关系

1. 内容不冲突时：

   • 如果意向性协议与正式合同的内容不冲突，且正式合同没有明确否定或取代意向性协议中的某些条款，那么在意向性协议中未被正式合同覆盖的部分，可能仍然有效。但这种情况较为少见，因为正式合同通常会全面覆盖意向性协议的内容。

2. 内容冲突时：

   • 如果意向性协议与正式合同的内容存在冲突，那么根据合同法的原则，正式合同通常会被视为对意向性协议的修改或补充，以正式合同为准。这是因为正式合同是双方当事人经过更深入协商和谈判后达成的最终协议，它更准确地反映了双方的真实意愿和交易条件。

三、特殊情况下的效力判断

• 意向性协议中有特别约定：如果意向性协议中明确约定了“本协议与后续签订的正式合同不一致的，以本协议为准”或类似条款，那么在该特别约定的范围内，意向性协议可能具有优先效力。但这种情况需要具体分析协议条款和双方当事人的真实意愿。
• 正式合同未全面履行意向性协议：如果正式合同在签订后，双方当事人并未全面履行意向性协议中的某些条款（如未按照意向性协议约定的时间、地点或方式签订正式合同），那么这并不影响意向性协议中其他条款的效力（除非这些条款与正式合同的签订或履行直接相关且受到正式合同的影响）。但这种情况通常会导致双方当事人之间的纠纷和争议，需要通过协商、调解或诉讼等方式解决。

四、法律建议

• 审查协议内容：在签订意向性协议和正式合同前，务必仔细审查协议内容，确保双方对协议条款的理解一致，并明确协议之间的效力关系。
• 明确约定：如果双方希望在意向性协议和正式合同之间建立特定的效力关系（如以意向性协议为准或以正式合同为准），应在协议中明确约定。
• 咨询专业律师：在签订涉及重要交易或事项的协议时，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性，并降低潜在的法律风险。

如果您在签订或履行意向性协议和正式合同过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和解决方案。