针对您提出的“规划违法消除影响后如何补办手续”的问题，这是一个涉及多个环节和法规的复杂流程。以下是我为您整理的详细解答：
一、核心原则
首先，需要明确的是，对于规划违法行为，必须遵循“先处罚、后补办”的原则。这意味着，在补办任何手续之前，必须先对违法行为进行立案查处，包括罚款、整改、追责等程序，确保行政处罚执行到位。
二、具体步骤
立案调查与行政处罚
- 立案：自然资源主管部门会对违法地块进行立案，明确违法主体、面积、用途以及违法性质。
- 处罚决定：随后，会下发《行政处罚决定书》，其中可能包括责令退还土地、限期拆除或没收违法建筑、罚款等措施。罚款标准通常按照《土地管理法》的相关规定执行，如非法占用土地每平方米100-1000元。
- 责任追究：对于单位负责人或直接责任人，还可能移交纪检监察机关或司法机关进行处理。
执行处罚与整改
- 拆除复耕：对于不符合国土空间规划的违法建筑，如占用永久基本农田的，必须拆除并恢复土地原状。
- 没收处置：对于符合规划的违法建筑，如工业用地未批先用的，可以没收后移交地方政府处置。
- 缴纳罚款：必须足额缴纳罚款及滞纳金，逾期未缴将申请法院强制执行。
- 整改验收：整改完成后，由自然资源部门进行现场验收，确认土地恢复或没收处置到位，并在相关系统中销号，解除违法状态。
补办建设用地审批
- 规划匹配：确保地块已纳入国土空间规划确定的建设用地范围。
- 耕地占补平衡：如涉及耕地占用，需落实耕地占补平衡。
- 缴纳费用：缴纳土地出让金及相关税费。
- 无其他违法违规行为：确保无其他违法违规行为，如与生态保护红线冲突等。
三、特殊情况处理
- 符合规划但未批先用的项目：若项目符合规划且属民生、基础设施等公益性质，可没收建筑物后补办手续；若属商业开发，则需从严审核，可能要求重新招拍挂。
- 历史遗留违法用地：对于因政策调整或历史原因形成的违法用地，如2009年“二调”前的项目，可按“分类处置”政策处理，但仍需履行处罚程序。
四、未履行处罚的后果
- 补办手续无效：未完成查处的补办审批可能被上级部门撤销或认定为无效。
- 法律风险：用地单位可能面临二次处罚，甚至被追究非法占用土地罪的刑事责任。
- 信用惩戒：违法主体将被列入“土地市场失信名单”，影响后续拿地、融资等。
五、操作建议
- 主动配合查处：发现违法后应立即整改，避免被列入重大典型案件公开通报。
- 精准规划匹配：确保违法地块符合国土空间规划，否则只能拆除。
- 准备完整材料：补办时需提交行政处罚决定书、罚款缴纳凭证、整改验收证明、用地预审文件等。
六、政策依据
- 《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例
- 自然资源部及相关省份关于规范查处违法用地补办手续的通知和规定
综上所述，规划违法消除影响后补办手续是一个复杂且严格的过程，需要遵循多个法规和政策要求。建议您在补办手续前，详细咨询当地自然资源主管部门，了解具体流程和所需材料，以确保补办手续的顺利进行。