违法建设在没收违法收入后，一般情况下不能直接办理规划许可手续，需分情况讨论并满足特定条件后方可尝试申请。具体分析如下：

1. 违法建设的基本性质与规划许可的冲突
   违法建设通常指未取得建设工程规划许可证或违反规划许可内容进行建设的行为。根据《城乡规划法》第六十四条，违法建设需承担限期改正、罚款、没收实物或违法收入、限期拆除等法律责任。没收违法收入是行政机关对违法建设行为的处罚措施之一，其本质是对违法所得的追缴，但并未直接解决违法建设本身的合法性问题。因此，仅完成违法收入没收，并不意味着违法建设自动获得合法身份，仍需进一步处理。

2. 规划许可手续的办理前提
   规划许可（如建设工程规划许可证）的核发需以建设项目符合城乡规划、土地利用总体规划等法定条件为前提。若违法建设本身存在以下情形，则无法直接办理规划许可：

   • 违反强制性规划要求：如建设位置、高度、密度等超出规划限制；
     
   • 占用公共利益用地：如侵占道路、绿地、消防通道等；
     
   • 存在安全隐患：如结构不安全、消防不达标等。
     若违法建设未通过整改消除上述问题，规划部门不会核发许可。

3. 没收违法收入后的处理路径
   在没收违法收入后，若想办理规划许可，需分情况处理：

   • 情况一：违法建设可补办手续
     若违法建设符合城乡规划，且未造成严重后果（如未占用公共利益用地、无安全隐患），行政机关可能根据《城乡规划法》第六十四条，责令补办相关手续并处罚款。此时，需完成以下步骤：
     
     1. 向规划部门提交整改方案，证明建设内容符合规划要求；
        
     2. 缴纳罚款（通常为建设工程造价的5%-10%）；
        
     3. 规划部门审核通过后，核发建设工程规划许可证。
        
   • 情况二：违法建设需拆除或没收实物
     若违法建设严重违反规划（如占用基本农田、影响公共安全），行政机关可能直接责令限期拆除或没收实物。此时，即使违法收入已被没收，也无法通过补办手续合法化，需彻底消除违法状态后方可重新申请规划许可（如拆除后按新规划重建）。

4. 实务建议

   • 主动沟通规划部门：在没收违法收入后，第一时间与当地规划部门沟通，明确违法建设的性质及整改方向；
     
   • 委托专业机构评估：通过测绘、设计等机构出具报告，证明建设内容符合规划要求；
     
   • 保留行政处罚文书：没收违法收入的决定书、罚款凭证等是后续申请规划许可的重要依据；
     
   • 谨慎处理历史遗留问题：若违法建设涉及历史原因（如早期政策宽松期建设），可尝试通过“一事一议”方式争取政策支持，但需以地方具体规定为准。

总结：没收违法收入仅是处罚环节之一，违法建设能否办理规划许可，需以是否符合规划要求、是否消除违法状态为前提。建议根据具体情形，结合规划部门意见，通过整改、补办手续或重新申请等方式推进合法化进程。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。