核心结论：基本农田被填属于违法行为，需根据不同情况采取相应处理措施，包括恢复原状、行政处罚、民事赔偿及刑事责任追究等。以下从法律责任、处理流程、维权途径三个角度展开说明：

一、法律责任分析

1. 行政责任
   根据《土地管理法》第三十七条及第七十五条，禁止占用基本农田发展林果业、挖塘养鱼或建窑、建房等行为。若填埋行为导致基本农田毁坏，县级以上自然资源主管部门可责令限期改正或治理，并处罚款（罚款标准为耕地开垦费的2倍以上5倍以下）；逾期不改正的，可依法收回土地使用权。

2. 刑事责任
   若填埋行为造成基本农田5亩以上永久性损坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条【非法占用农用地罪】，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。需注意：

   • 损坏需达到“严重毁坏”程度（如土壤层严重破坏、无法复垦）；
     
   • 需经省级以上农业部门或自然资源部门鉴定。

3. 民事责任
   若填埋行为导致相邻土地权利人（如其他农户）损失（如排水受阻、土壤污染），受害方可依据《民法典》第一千二百二十九条要求侵权人承担停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任。

二、处理流程建议

1. 立即取证

   • 现场拍照、录像，记录填埋范围、深度及对农田的破坏情况；
     
   • 收集土地承包合同、基本农田保护标志牌等证明土地性质的证据；
     
   • 联系村委会或乡镇政府出具土地性质证明。

2. 向主管部门举报

   • 向当地自然资源局（原国土局）或农业农村局提交书面举报材料，要求立案查处；
     
   • 若涉及环境污染（如填埋建筑垃圾、化工废料），可同步向生态环境局举报。

3. 申请行政复议或诉讼

   • 若主管部门未依法处理，可在收到答复后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼，要求确认行政不作为违法并责令履职。

三、维权途径选择

1. 协商调解
   若填埋方为个人或企业，可先尝试通过村委会、乡镇司法所调解，要求其自行恢复原状并赔偿损失。

2. 行政投诉
   向12345政务服务便民热线或自然资源部违法举报平台投诉，推动行政机关介入查处。

3. 刑事报案
   若损坏面积大、情节严重，可直接向公安机关报案，要求追究刑事责任，同时提起刑事附带民事诉讼索赔。

温馨提示：基本农田保护涉及国家粮食安全，法律对此类行为处罚严厉。建议优先通过行政途径解决，若效果不佳再启动法律程序。如有具体案件细节（如填埋主体、面积、时间等），可进一步向我咨询，我将结合证据为您制定详细维权方案。