给员工办理停薪留职是否合法，主要取决于具体的实施方式以及是否符合相关法律法规、劳动合同约定和企业规章制度的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规依据与合法性条件
法律法规依据：
- 《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规并未直接对“停薪留职”作出明确规定，但强调了劳动合同的履行和变更应遵循平等自愿、协商一致的原则。这意味着，任何涉及劳动合同变更的行为，包括停薪留职，都需要双方协商一致。
- 根据劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》的通知（劳部发〔1995〕309号）等相关政策性文件，停薪留职在特定历史背景下有其存在的合理性，且部分地区可能出台了关于停薪留职的具体政策或指导意见。
合法性条件：
- 双方协商一致：停薪留职必须建立在用人单位与劳动者协商一致的基础上。任何一方不得单方面决定停薪留职，否则可能构成违法行为。
- 符合法律法规和企业规章制度：停薪留职的安排不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背企业的合法规章制度。例如，停薪留职期间，用人单位仍需为员工缴纳社会保险费用（除非双方另有约定且符合法律法规规定）。
- 明确期限和待遇：停薪留职期间，双方应明确约定期限、工资待遇（如有）、社会保险缴纳等事项，以保障双方的合法权益。
二、实际操作中的注意事项
签订书面协议：
- 为了避免后续产生纠纷，建议用人单位与员工在停薪留职期间签订书面协议，明确各自的权利和义务。协议内容应包括停薪留职的起止时间、社保缴纳方式、工资支付方式（如有）、违约责任等关键条款。
保留劳动关系：
- 停薪留职的目的是为了保留劳动关系，以便员工在期满后能够顺利返回工作岗位。因此，在停薪留职期间，员工应遵守公司的相关规定，不得从事与公司利益相冲突的活动。
社保问题处理：
- 社保的缴纳是停薪留职期间的一个重要问题。根据法律规定，用人单位有义务为员工缴纳社保费用。因此，在停薪留职前，双方应协商好社保的缴纳方式和比例，确保员工的社保权益不受影响。如果双方约定由员工自行缴纳社保，应确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
三、潜在风险与法律后果
劳动关系处理不当：
- 如果停薪留职期间劳动关系处理不当，可能导致劳动争议和法律纠纷。例如，员工在停薪留职期间找到新工作但未与原单位解除劳动合同，可能构成双重劳动关系，引发法律纠纷。
工资和社会保险问题：
- 停薪留职期间，员工通常不享受正常工资待遇。如果双方未就工资支付方式达成明确约定，可能引发争议。同时，社保的缴纳问题也可能成为纠纷的焦点。如果用人单位未按规定为员工缴纳社保费用，可能面临法律责任。
四、实际案例与操作建议
实际案例：
- 在某些企业中，员工因个人原因（如创业、学习等）申请停薪留职，并与企业签订书面协议明确相关事项。在停薪留职期间，员工遵守协议约定，未从事与原单位有竞争关系的工作，期满后顺利返回原岗位。这种情况下的停薪留职是合法的。
操作建议：
- 提前沟通：员工应提前与公司沟通停薪留职的意愿和原因，以便公司能够根据实际情况进行考虑和决策。
- 签订书面协议：双方应签订书面协议明确停薪留职的期限、工资待遇（如有）、社会保险缴纳等事项。
- 保留证据：妥善保存与停薪留职相关的所有文件和记录，以备不时之需。
- 及时沟通：在停薪留职期间保持与单位的联系，及时了解单位动态和个人权益保障情况。
综上所述，给员工办理停薪留职在一定条件下是合法的，但必须确保双方协商一致、符合法律法规和企业规章制度的规定，并签订书面协议明确各自的权利和义务。如果你有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。