结论前置：公司在职员工注册公司是否违法，需根据具体情况综合判断。一般情况下不违法，但在存在特定限制或禁止情形时可能构成违法。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般情况下的合法性
- 法律允许性：我国法律并未明确禁止劳动者以个人身份投资其他单位或注册公司。因此，从法律层面看，在职员工注册公司本身并不直接构成违法行为。
- 注册程序与条件：根据《中华人民共和国公司法》规定，设立公司需依法向公司登记机关申请设立登记，并符合公司法规定的设立条件。只要满足这些条件，员工有权注册自己的公司。
- 无竞业关系与利益冲突：若员工注册的公司与所在单位业务无关联，不存在竞争关系或利益冲突，且未利用现公司资源，通常不视为违法。例如，一名在科技公司工作的员工，利用业余时间成立了一家提供家政服务的公司，两家公司业务完全不相关，且该员工未将科技公司的任何资源用于新公司，也未违反任何合同约定，这种情况下在职注册公司是合法的。
二、可能构成违法的情形
违反竞业限制协议：
- 定义与后果：若员工与现公司签订了竞业限制协议，明确约定不得从事与现公司有竞争关系的业务，则在外注册相关公司属于违法。违反竞业限制协议，现公司有权追究违约责任，要求支付违约金，甚至可能要求赔偿因违约造成的损失。
- 示例：一名在电商公司工作的员工，与公司签订了竞业限制协议，约定离职后两年内不得从事电商相关业务。若该员工在职期间或离职后两年内注册了一家电商公司，则构成违法。
违反公司规章制度或劳动合同：
- 定义与后果：有些公司规章制度或劳动合同中明确禁止员工在外注册与公司业务有竞争关系的公司。违反此类规定，公司可依据规章制度进行纪律处分，甚至解除劳动合同。
- 示例：一家制造企业的员工手册中明确规定，员工不得在外注册与本公司业务有竞争关系的公司。若一名员工违反此规定，注册了一家同类制造企业，则公司有权依据员工手册对其进行纪律处分。
利用职务之便或公司资源：
- 定义与后果：员工在注册和经营外部公司过程中，若利用现公司的商业秘密、客户资源、技术资料等，或利用工作时间、办公设备等公司资源，属于违法行为。可能面临民事赔偿责任，情节严重的还可能构成刑事犯罪，如职务侵占罪、侵犯商业秘密罪等。
- 示例：一名在金融公司工作的员工，利用公司的客户资料和营销策略，注册了一家同类金融公司，并挖走了部分客户。这种行为不仅违反了公司规定，还可能构成侵犯商业秘密罪。
特殊职业限制：
- 定义与后果：对于国家公务员、法官、检察官等特殊职业人员，法律明确规定禁止其从事营利性活动。这些职业的员工不能注册自己的公司。若违反此规定，将面临相应的法律责任。
- 示例：一名国家公务员在职期间注册了一家公司，从事营利性活动。这种行为违反了《中华人民共和国公务员法》的相关规定，将受到纪律处分甚至法律制裁。
三、建议与注意事项
- 避免负面影响：员工在注册公司前，应评估自己的行为是否会对原公司工作造成负面影响。如有影响，用人单位有权解除劳动合同。
- 合法合规经营：无论是否在职，注册公司都需遵守相关法律法规，确保合法合规经营。特别是要遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规。
- 仔细审查合同与规定：在决定注册公司之前，员工应仔细审查自己的劳动合同、保密协议、竞业限制协议以及公司的规章制度，确保自己的行为不会构成违法。
综上所述，公司在职员工注册公司是否违法需综合考虑多种因素。员工应仔细评估自身情况，并确保行为符合法律法规和公司规定，以避免不必要的法律纠纷和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。