针对巡察发现单位违规发放十三个月工资的问题，核心处理方式需结合违规性质、整改要求及法律责任综合判定，具体处理方向如下：

1. 立即停止违规行为并整改
   若巡察发现单位存在违规发放十三个月工资（如超出政策范围、未履行审批程序或违反财务制度），首要措施是立即停止发放行为，并依据巡察反馈意见制定整改方案。整改需明确违规发放的具体金额、涉及人员范围及发放依据，对已发放部分需区分情况处理：

   • 若发放依据不合法（如无政策支持或审批文件），需追回违规发放的款项；
     
   • 若发放依据存在瑕疵（如审批程序不完整），需补全手续或调整发放标准至合规范围。
     法律依据：根据《财政违法行为处罚处分条例》第六条，单位违规发放津贴、补贴的，财政部门可责令改正，追回违规款项，并对单位及责任人处以罚款。

2. 区分责任主体并追责
   需明确违规行为的责任主体，包括单位决策层、财务部门或直接经办人员。根据责任大小，可能涉及以下追责方式：

   • 行政责任：对单位负责人或直接责任人给予警告、记过、降级等处分（依据《公务员法》或《事业单位工作人员处分暂行规定》）；
     
   • 刑事责任：若违规发放金额巨大或存在贪污、挪用公款等行为，可能涉嫌贪污罪或挪用公款罪（依据《刑法》第三百八十二条、第三百八十四条）；
     
   • 民事责任：若单位因违规发放导致国有资产流失，需承担赔偿责任，相关责任人可能被追偿。
     实践要点：追责需以证据为基础，包括财务凭证、审批文件、会议记录等，确保程序合法。

3. 完善制度并预防再犯
   单位需以此次巡察为契机，完善内部财务管理制度，明确工资发放的审批流程、标准及监督机制。例如：

   • 建立工资发放联审制度，由财务、人事、纪检部门联合审核；
     
   • 定期开展财务自查，主动排查违规风险；
     
   • 加强政策培训，确保经办人员熟悉工资发放的合规要求。
     政策依据：根据《关于规范津贴补贴发放的通知》等文件，单位需严格执行国家工资政策，严禁自行设立发放项目或提高标准。

若单位涉及违规发放十三个月工资，建议优先配合巡察组整改，同时咨询专业律师评估法律风险，制定合规化处理方案。 有具体问题可直接向我提问，我将结合案例与法规详细解答。