若公司董事长因个人涉嫌违法犯罪被立案，其持有的公司股票处理方式需分情况讨论：

1. 股票性质为个人直接持有且未被限制流通
   若董事长持有的股票属于个人合法财产且未被司法机关冻结、查封，理论上其仍享有股东权利（如分红权、表决权）。但实践中，若董事长被采取强制措施（如刑事拘留），可能无法实际行使权利，需通过授权委托他人代为行使。若股票处于可流通状态，其本人或代理人可依法处置（如减持），但需遵守《证券法》关于短线交易、内幕交易等限制性规定。

2. 股票已被司法机关冻结或查封
   根据《刑事诉讼法》第144条，司法机关可对涉案人员的财产采取保全措施。若董事长持有的股票被冻结，其处置权将受到限制：

   • 冻结期间：未经司法机关同意，不得转让、质押或设定其他权利负担；
     
   • 后续处理：若案件进入执行阶段，股票可能被依法拍卖、变卖以偿还债务或罚金；若董事长被认定无罪，冻结措施将解除，股票恢复自由流通。

3. 股票属于上市公司限售股
   若董事长持有的股票为限售股（如高管锁定股、IPO前持股），其处置需同时遵守《公司法》《证券法》及交易所规则：

   • 限售期限制：在限售期内不得转让；
     
   • 解禁后处置：即使董事长被立案，解禁后仍可依法减持，但需提前公告并遵守减持比例限制；
     
   • 特殊情形：若董事长因涉嫌证券违法（如内幕交易）被立案，其减持行为可能被认定为恶意逃避监管，导致行政处罚或刑事责任。

4. 股票涉及公司控制权变更
   若董事长持股比例较高，其被立案可能引发公司控制权变动：

   • 股东权利行使：董事长若丧失行为能力，其股东权利可能由法定代理人或指定代理人行使；
     
   • 董事会决议效力：若董事长同时担任法定代表人，其被限制人身自由可能影响公司对外签署合同、召开股东会等事务，需及时变更法定代表人或授权他人代行职责；
     
   • 信息披露义务：上市公司需根据《证券法》及交易所规则，及时披露董事长被立案及股票处置情况，避免引发市场波动。

风险提示：

• 董事长被立案可能引发公司股价波动，投资者需关注公司公告及风险提示；
  
• 若董事长利用股票处置逃避债务或转移资产，可能面临民事赔偿或刑事责任；
  
• 建议公司及股东提前制定应急预案，明确授权机制及信息披露流程，降低法律风险。
  

如有具体案件细节或操作需求，可直接向我咨询，我将结合证据材料提供进一步分析。