实际控股人立案后，其持有的股票处理方式需根据具体立案原因及法律程序来综合判断，以下分情况说明：

1. 若立案涉及刑事犯罪，如内幕交易、操纵市场等：

   • 股票冻结：在刑事侦查阶段，公安机关有权对实际控股人名下的股票进行冻结，以防止资产转移或隐匿。冻结期间，股票无法进行交易或转让。
   • 后续处理：若案件进入审判阶段且实际控股人被定罪，其持有的股票可能作为违法所得被依法追缴或拍卖，所得款项用于赔偿受害者或上缴国库。若股票未被认定为违法所得，则可能根据判决结果进行解冻或继续冻结。

2. 若立案涉及民事纠纷，如股权纠纷、合同纠纷等：

   • 诉讼保全：在民事诉讼过程中，一方当事人可以向法院申请诉讼保全，请求冻结对方名下的股票等资产，以确保判决能够得到有效执行。冻结期间，股票同样无法进行交易或转让。
   • 判决执行：若法院判决实际控股人需承担民事责任，如赔偿损失等，其持有的股票可能被依法拍卖或变卖，所得款项用于履行判决义务。若股票价值不足以覆盖赔偿金额，实际控股人仍需以其他资产进行补足。

3. 若立案涉及行政处罚，如违反证券监管规定等：

   • 行政处罚措施：证券监管机构有权对实际控股人采取行政处罚措施，如罚款、警告、市场禁入等。这些措施通常不会直接涉及股票的冻结或拍卖，但可能对实际控股人的声誉和信用造成影响，进而影响其股票的市场价值。
   • 后续监管：在行政处罚后，证券监管机构可能对实际控股人进行持续监管，要求其整改违规行为并定期报告。若实际控股人未能按时整改或再次违规，可能面临更严厉的处罚措施。

在处理实际控股人立案后的股票问题时，还需注意以下几点：

• 法律程序：所有处理措施均需遵循法定程序，确保实际控股人的合法权益不受侵害。
• 信息披露：上市公司应及时、准确、完整地披露实际控股人立案情况及其对公司的影响，以维护投资者的知情权。
• 投资者保护：若实际控股人的行为损害了投资者的利益，投资者有权通过法律途径维护自己的权益，如提起民事诉讼或参与集体诉讼等。

建议您密切关注相关法律程序及信息披露情况，并根据自身情况采取相应的应对措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。