单位通过老板个人账户发放工资，这一行为本身并不直接决定能否认定劳动关系或工资发放的合法性，但可能引发一系列关于劳动关系确认、工资支付合规性及税务等方面的问题。以下从不同角度进行分析：

一、劳动关系确认的角度

1. 劳动关系确认的依据：劳动关系的确认主要依据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，通常考虑双方是否签订书面劳动合同、是否接受用人单位的管理、是否从事用人单位安排的有报酬的劳动等因素。工资发放方式（无论是通过单位账户还是个人账户）并非确认劳动关系的唯一或决定性因素。

2. 个人账户发工资的影响：如果单位通过老板个人账户发放工资，但其他劳动关系要素（如签订劳动合同、接受管理、从事有报酬劳动等）均符合规定，那么这一行为通常不会影响劳动关系的确认。然而，如果单位以此为由否认劳动关系，劳动者可能需要提供其他证据（如工作证、考勤记录、同事证言等）来证明劳动关系的存在。

二、工资支付合规性的角度

1. 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当将工资支付给劳动者本人，并应当书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。虽然这些规定并未明确禁止通过个人账户发放工资，但要求工资支付必须合法、透明，并确保劳动者的权益不受侵害。

2. 个人账户发工资的风险：如果单位长期通过老板个人账户发放工资，可能引发以下问题：

   • 税务风险：个人账户发放工资可能涉及偷逃税款的问题，因为单位可能未将这部分工资纳入税务申报范围。
   • 劳动权益受损风险：如果单位以此为由拒绝支付加班费、社会保险等福利待遇，劳动者的权益将受到侵害。
   • 证据缺失风险：如果发生劳动争议，劳动者可能因无法提供有效的工资支付证据而陷入被动。

三、建议与措施

1. 对于劳动者：

   • 要求单位签订书面劳动合同：明确双方的权利和义务，包括工资支付方式、时间等。
   • 保留工资支付证据：如银行转账记录、工资条等，以备不时之需。
   • 及时维权：如果发现单位存在违法违规行为，如偷逃税款、拒绝支付福利待遇等，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。

2. 对于单位：

   • 遵守法律法规：确保工资支付方式合法合规，避免使用个人账户发放工资以规避税务和劳动法规。
   • 完善内部管理：建立健全的工资支付制度，确保工资支付的透明度和合法性。
   • 积极应对劳动争议：如果发生劳动争议，应积极与劳动者协商解决，避免矛盾升级。

总结来说，单位通过老板个人账户发放工资并不直接决定劳动关系的确认或工资支付的合法性，但可能引发一系列潜在问题。因此，建议劳动者和单位都应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和透明度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。