二级涉案卡涉案金额是否会被划扣，取决于多种因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、司法机关的冻结与划扣权限
冻结权限：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十四条，人民检察院、公安机关根据侦查犯罪的需要，可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产。因此，如果您的银行卡被认定为二级涉案卡，司法机关有权对其进行冻结。
划扣权限：
- 划扣通常是在案件侦破、审判后，对涉案财产进行处置的一种措施。如果司法机关认定您的银行卡内的资金与案件有关，且属于违法所得或需要追缴的财产，那么在案件判决后，这些资金有可能会被划扣。
二、银行与司法机关的协作
银行配合调查：
- 在司法机关调查过程中，银行会配合提供相关账户的交易记录等信息，以协助调查。如果司法机关要求银行冻结或划扣账户内的资金，银行通常会按照法律程序执行。
银行自主划扣的限制：
- 银行本身没有权力自主划扣客户账户内的资金，除非得到司法机关的明确指令或客户本人的授权。因此，如果您的银行卡被冻结，但并未收到司法机关的划扣指令，银行通常不会自行划扣资金。
三、涉案金额的性质与处理
违法所得的处理：
- 如果涉案金额被认定为违法所得，那么根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。在这种情况下，涉案金额有可能会被划扣。
合法财产的保护：
- 如果涉案金额被认定为您的合法财产，且与案件无关，那么司法机关应当保护您的合法权益，不会对其进行划扣。
四、实际操作中的注意事项
及时了解案件进展：
- 如果您的银行卡被冻结或涉案，建议您及时与司法机关联系，了解案件进展和涉案金额的处理情况。这有助于您更好地维护自己的合法权益。
提供证据证明资金来源：
- 如果您认为涉案金额是您的合法财产，且与案件无关，那么您可以向司法机关提供相关证据，如交易记录、合同等，以证明资金的来源和合法性。这有助于司法机关更准确地判断涉案金额的性质和处理方式。
总结来说，二级涉案卡涉案金额是否会被划扣，取决于涉案金额的性质、司法机关的认定以及法律程序的规定。如果您面临此类情况，建议您及时与司法机关联系并咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。