针对您提出的“综合工时年假不算工时怎么办”的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要议题，我将结合相关法律法规和实际操作，为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。

一、明确综合工时制下年假的法律性质

在综合工时制下，年休假是劳动者依法享有的休息休假权利，其本质是为了让劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力。根据《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，年休假是劳动者的一种法定福利，不应计入工时总数中。这一规定既符合法律法规的精神，也体现了对劳动者休息权利的尊重和保护。

二、分析年假不计入工时的可能原因及应对策略

1. 公司误解或误操作：

   • 有时，公司可能由于对法律法规理解不够深入或内部管理流程存在疏漏，导致年假未被合理计入综合工时。
   • 应对策略：员工应首先与公司进行友好、理性的沟通，明确指出年假应计入综合工时的法律依据，并要求公司纠正这一做法。

2. 公司故意违反规定：

   • 极少数情况下，公司可能出于成本考虑或其他原因，故意不将年假计入综合工时，以规避支付加班费或提供其他福利。
   • 应对策略：员工在沟通无果的情况下，应保留好相关证据（如考勤记录、沟通记录等），并向当地的劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。

三、实际操作中的注意事项

1. 保留关键证据：

   • 员工应特别注意保留考勤记录、请假申请及审批记录等，以证明实际的年假休假情况。这些证据在后续维权过程中将起到至关重要的作用。

2. 了解并熟悉相关法律法规：

   • 员工应仔细研读《职工带薪年休假条例》和《企业职工带薪年休假实施办法》等相关法律法规，以及所在地区的具体规定，以便在维权过程中能够准确引用法律条款。

3. 寻求外部帮助：

   • 如果公司内部沟通协商未能解决问题，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在必要时，还可以咨询专业的律师或法律援助机构，了解具体的维权途径和流程。

四、总结与建议

综合工时制下的年休假不应算作工时，这是法律法规的明确规定。如果公司未将年假计入综合工时，员工应依法维护自己的权益。在维权过程中，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为，同时要注意保留好相关证据，以便在需要时提供有力的支持。通过合法途径维护自己的权益，不仅有助于保障个人的休息权益，也能促进企业的合规经营和劳动关系的和谐稳定。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。