被扣押的财产再设定抵押的，抵押合同是否有效需分情况讨论，具体如下：

1. 若抵押权人明知或应知财产已被扣押仍接受抵押，合同可能因恶意串通损害国家、集体或第三人利益而无效

根据《民法典》第一百五十四条，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。若抵押权人在设定抵押时明知或应知财产已被司法机关扣押（如法院查封、冻结），仍接受抵押并办理登记，可能被认定为恶意串通。例如，债务人因债务纠纷被法院查封房产后，仍与抵押权人签订抵押合同，将该房产抵押给抵押权人，若抵押权人明知查封事实仍接受抵押，则合同可能因恶意串通而无效。

1. 若抵押权人不知财产被扣押且无过错，合同效力不受影响，但抵押权无法对抗查封效力

若抵押权人在设定抵押时对财产被扣押的事实不知情，且无重大过失（如未尽到合理审查义务），抵押合同本身仍有效。但根据《民法典》第四百零六条，抵押期间，抵押人可以转让抵押财产，但抵押财产转让的，抵押权不受影响。然而，若财产已被司法机关查封，抵押权人虽可依据有效合同主张抵押权，但该抵押权无法对抗查封的效力。例如，抵押权人接受抵押后，发现财产已被法院查封，此时抵押权人虽可依据合同要求抵押人承担违约责任，但无法通过行使抵押权优先受偿。

1. 若扣押机关未依法办理扣押手续，抵押合同效力不受影响，但抵押权可能因扣押行为无效而无法实现

若司法机关扣押财产时未依法办理扣押手续（如未制作扣押清单、未通知相关权利人等），扣押行为可能因程序违法而被撤销。此时，抵押合同效力不受影响，抵押权人仍可依据有效合同主张抵押权。但若扣押行为被撤销后，财产被返还给抵押人，抵押权人可能因抵押物灭失或无法追及而无法实现抵押权。例如，法院未依法制作扣押清单即查封房产，后因程序违法被撤销查封，此时抵押权人虽可依据合同主张抵押权，但若房产已被抵押人转让给第三人，抵押权人可能无法追及该房产。

法律建议：

• 抵押权人角度：在接受抵押前，务必通过查询不动产登记信息、要求抵押人提供财产权属证明等方式，核实抵押财产是否已被查封、冻结或存在其他权利限制。若发现财产已被扣押，应谨慎接受抵押，避免因恶意串通或程序违法导致合同无效或抵押权无法实现。
• 抵押人角度：若财产已被扣押，不得擅自设定抵押，否则可能面临合同无效、承担违约责任甚至刑事责任（如拒不执行判决、裁定罪）的风险。若需融资，可与扣押机关协商，通过提供其他担保或履行债务等方式解除扣押后，再设定抵押。

可能后果：

• 若抵押合同被认定无效，抵押权人可能无法依据合同主张抵押权，仅能要求抵押人返还财产或赔偿损失（如因合同无效导致的信赖利益损失）。
• 若抵押合同有效但抵押权无法实现，抵押权人可能需通过其他途径（如起诉抵押人、申请强制执行等）追偿债务，但追偿难度和成本可能增加。

如有具体案情或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体情况为您提供更详细的法律分析。