若已达成调解协议，诉讼程序通常可按以下方式处理：

1. 向法院申请确认调解协议效力
   根据《民事诉讼法》第2零一条，经人民调解委员会、行业调解组织等调解达成的协议，双方可自调解协议生效之日起30日内，共同向法院申请司法确认。法院审查后若确认协议合法有效，将出具民事裁定书，该裁定具有强制执行力。若一方拒不履行，另一方可直接申请强制执行，无需另行起诉。

2. 已立案但未开庭的诉讼案件处理
   若诉讼已立案但尚未开庭，双方可向法院提交《撤诉申请书》，申请撤回起诉。法院审查后若同意撤诉，将出具《民事裁定书》终结案件。需注意：撤诉后若再次就同一事实起诉，法院可能以“重复起诉”为由不予受理（特殊情形除外，如撤诉后发现新证据）。

3. 已开庭但未判决的诉讼案件处理
   若案件已进入庭审阶段，双方可在法庭主持下达成调解，法院将根据调解内容制作《民事调解书》。调解书经双方签收后即生效，与判决书具有同等法律效力。若一方拒不履行，另一方可直接申请强制执行。

4. 调解协议履行中的注意事项

   • 履行期限：明确约定履行期限及方式（如分期付款、一次性支付等），避免因履行方式争议引发二次纠纷。
     
   • 违约责任：在调解协议中约定违约条款（如逾期付款需支付违约金），增强协议约束力。
     
   • 证据保留：保存调解协议原件、履行凭证（如转账记录、收条）等，以备后续执行或争议解决之需。

特殊情形提示：
若调解协议涉及第三人权益（如夫妻共同债务、担保责任等），需确保第三人同意或参与调解，否则可能因损害第三人利益导致协议无效。此外，若调解协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，当事人可在法定期限内申请撤销或变更协议。

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。