关于您提出的“交通事故工资证明书不是工伤写停发在此期间工资好还是扣出好”的问题，首先我们需要明确一点：交通事故导致的伤害若未被认定为工伤，那么在处理工资发放问题时，应遵循一般的劳动合同及公司规章制度，而非工伤赔偿的相关规定。

核心结论：在交通事故未被认定为工伤的情况下，工资证明书应如实反映员工的工资发放情况。若员工因交通事故确实未能工作，公司可根据实际情况选择停发或按照公司规定扣减相应工资，但这一决定应基于劳动合同、公司规章制度以及法律法规的框架内。

接下来，我们从几个角度详细分析这个问题：

1. 劳动合同与公司规章制度：

   • 您的工资发放情况首先应遵循您与公司签订的劳动合同以及公司的规章制度。这些文件通常会明确员工在何种情况下可以停发工资或扣减工资。
   • 如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定因非工伤原因导致的缺勤如何处理，那么应按照这些规定来执行。

2. 法律法规的约束：

   • 虽然交通事故未被认定为工伤，但公司在处理员工工资时仍需遵守国家及地方的劳动法律法规。
   • 例如，某些地区可能有规定，员工因非工伤原因缺勤时，公司应如何支付工资或生活费。

3. 实际情况的考量：

   • 公司可以根据员工的实际情况，如缺勤天数、是否提供医疗证明等，来决定是否停发工资或扣减工资。
   • 如果员工能够提供医疗证明，证明其因交通事故确实无法工作，那么公司可能会考虑更为人性化的处理方式，如支付部分工资或生活费。

4. 沟通与协商：

   • 在处理此类问题时，建议员工与公司进行充分的沟通与协商。员工可以说明自己的实际情况和困难，公司也可以解释其处理决定的依据和考虑因素。
   • 通过沟通与协商，双方可以寻求一个更为合理且双方都能接受的解决方案。

综上所述，交通事故工资证明书在未被认定为工伤的情况下，应如实反映员工的工资发放情况。公司可根据劳动合同、公司规章制度以及法律法规的框架内，结合员工的实际情况来做出决定。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。