借款协议由第三方监管，协议上不盖章在大多数情况下是可以的，但具体是否有效还需根据协议内容、双方约定以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

从协议形式要件角度

1. 盖章并非绝对必要：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，签名、盖章或按指印，三者满足其一即可，并非必须同时具备。因此，如果借款协议上有双方当事人的签字或按指印，即使没有盖章，协议在形式上也是成立的。
2. 特殊情形需注意：然而，如果协议中明确约定了“本协议自双方签字盖章之日起生效”或类似条款，那么盖章就成为了协议生效的必要条件。在这种情况下，如果协议上没有盖章，协议可能不会生效，或者至少在未盖章前不会对双方产生法律约束力。

从第三方监管角度

1. 监管不影响协议效力：第三方监管通常是为了确保借款的发放、使用和偿还等环节符合协议约定，保障双方权益。但监管行为本身并不直接影响借款协议的效力。无论协议是否由第三方监管，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且符合法律规定的合同成立和生效要件，协议就是有效的。
2. 监管协议需单独考虑：如果借款协议中包含了关于第三方监管的具体条款，或者双方与第三方另行签订了监管协议，那么这些协议或条款的效力就需要单独考虑。它们可能受到其他法律法规的约束，如金融监管规定等。

实际操作建议

1. 明确协议条款：为了避免未来可能出现的纠纷，建议在借款协议中明确约定协议的生效条件、双方的权利义务、违约责任等关键条款。如果希望协议在盖章后生效，就应在协议中明确写明。
2. 保留证据：无论协议是否盖章，都应妥善保管好协议原件以及与协议相关的所有证据材料，如转账记录、聊天记录等。这些证据在未来可能发生的纠纷中将起到至关重要的作用。
3. 咨询专业律师：如果对借款协议的效力或相关法律问题存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况为你提供专业的法律意见和解决方案。

总结来说，借款协议由第三方监管时，协议上不盖章在大多数情况下并不影响协议的效力，但具体还需根据协议内容、双方约定以及相关法律法规来综合判断。为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订协议前咨询专业律师，并明确约定协议的关键条款。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。