公司章程可以约定被冻结股权的股东不能行使表决权，但这一约定需符合法律法规的规定，并确保不损害其他股东或公司的合法权益。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律背景与依据
《公司法》的相关规定：
- 根据《公司法》第四十二条：“股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。”这表明，公司章程在表决权行使方面具有一定的自治空间，可以作出与出资比例不同的规定。
- 同时，《公司法》并未直接禁止公司章程对被冻结股权的股东表决权进行限制。因此，从法律条文的角度看，公司章程作出此类约定并不直接违反法律规定。
股权冻结的法律效果：
- 股权冻结是法院为保障债权实现而采取的一种强制措施，主要限制的是股权的处分权（如转让、质押等），而并不直接剥夺股东的表决权。
- 然而，如果公司章程明确约定了被冻结股权的股东在冻结期间不得行使表决权，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定在股东之间以及股东与公司之间是具有法律效力的。
二、公司章程约定的合法性与合理性
合法性：
- 公司章程的约定必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益。
- 在约定被冻结股权的股东不能行使表决权时，应确保该约定不违反《公司法》等相关法律法规的精神和原则。
合理性：
- 公司章程的约定应合理平衡各方利益，既要保护债权人的利益，也要保障股东的合法权益。
- 如果冻结股权的股东因无法行使表决权而遭受不合理的损失，或者公司因此遭受不利影响，那么该约定可能被视为不合理。
三、实际操作中的注意事项
明确约定内容：
- 公司章程应明确约定被冻结股权的股东在冻结期间不得行使表决权的具体情形、期限以及恢复行使表决权的条件等。
- 约定应具体、明确，避免模糊不清或产生歧义。
保护股东权益：
- 在约定被冻结股权的股东不能行使表决权时，应考虑为该股东提供其他合理的救济途径，如允许其通过书面形式表达意见或委托他人代为行使部分权利等。
- 同时，应确保该约定不会导致股东会会议无法召开或无法形成有效决议等不利后果。
遵循公司治理原则：
- 公司章程的约定应遵循公司治理的基本原则，如民主决策、公平公正等。
- 不得利用该约定损害其他股东或公司的合法权益，也不得滥用股东权利或公司治理机制。
四、可能面临的法律后果
- 如果公司章程的约定违反了法律法规的强制性规定或损害了社会公共利益，那么该约定可能被认定为无效。
- 如果因该约定导致股东会会议无法召开或无法形成有效决议等不利后果，公司可能面临法律纠纷或行政处罚等风险。
总结与建议：公司章程可以约定被冻结股权的股东不能行使表决权，但这一约定必须合法、合理且符合公司治理原则。在制定或修改公司章程时，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保约定的合法性和有效性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。