合同管辖条款不明确时，可以通过证据来认定管辖法院，但具体能否认定及认定的方式需结合实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同管辖条款不明确时的法律原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，合同纠纷的管辖法院通常遵循“原告就被告”原则，即由被告住所地人民法院管辖。然而，当合同双方在合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定时，应优先适用约定管辖。若合同中的管辖条款不明确或存在争议，则需进一步分析合同内容、交易习惯及双方当事人的真实意思表示，以确定管辖法院。
二、通过证据认定管辖法院的情形
合同文本中的其他条款或附件：
- 若合同文本中除管辖条款外，还包含了其他与管辖相关的条款或附件，如争议解决方式、合同签订地、履行地等，这些条款或附件可能作为认定管辖法院的辅助证据。
- 例如，合同中虽未明确约定管辖法院，但约定了合同签订地或履行地，且该地点与双方当事人有实际联系，此时可依据相关法律规定，将合同签订地或履行地的人民法院视为有管辖权的法院。
双方当事人的交易习惯或行业惯例：
- 在长期合作的商业伙伴之间，可能存在特定的交易习惯或行业惯例，这些习惯或惯例可能被视为双方当事人之间的“默示约定”，从而影响管辖法院的认定。
- 例如，双方当事人在多次交易中均选择某一特定法院作为管辖法院，且未对此提出异议，此时可认为双方已形成了选择该法院管辖的交易习惯。
双方当事人的实际履行行为：
- 双方当事人的实际履行行为，如交货地点、付款地点等，也可能作为认定管辖法院的证据。
- 例如，合同中虽未明确约定管辖法院，但双方当事人在实际履行过程中均按照某一特定地点的法院进行诉讼或仲裁，且该地点与合同履行有实际联系，此时可认为双方已通过实际履行行为选择了该法院作为管辖法院。
其他相关证据：
- 除了上述证据外，双方当事人还可提供其他相关证据来证明管辖法院的认定，如双方当事人的聊天记录、邮件往来、会议纪要等。
- 这些证据应能够证明双方当事人在合同签订或履行过程中对管辖法院有过明确的约定或暗示。
三、注意事项及法律建议
明确约定管辖条款：
- 为避免管辖争议，建议双方当事人在合同中明确约定管辖法院，且该约定应具体、明确、无歧义。
- 约定管辖法院时，应确保不违反级别管辖和专属管辖的规定，否则该约定可能被认定为无效。
保留相关证据：
- 双方当事人在合同签订和履行过程中，应妥善保留与管辖相关的证据，如合同文本、附件、交易习惯证明、实际履行行为证明等。
- 这些证据在发生管辖争议时，将起到至关重要的作用。
及时寻求法律帮助：
- 若双方当事人对管辖法院的认定存在争议，且无法通过协商解决，建议及时寻求专业律师的帮助。
- 律师将根据双方当事人的实际情况和法律规定，提供专业的法律意见和解决方案。
如有任何合同纠纷或管辖争议方面的问题，可以直接向我咨询。我将结合你的具体情况，为你提供全面、专业的法律建议。