针对您提出的“无效合同办理的药品经营许可证怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，如果药品经营许可证是基于无效合同而办理的，那么该许可证本身的有效性也会受到质疑。在处理此类情况时，我们主要依据的是《中华人民共和国药品管理法》及其相关实施条例，以及地方药品监督管理局的具体管理规定，如广东省食品药品监督管理局关于《药品经营许可证》注销的管理规定。
一、无效合同对药品经营许可证的影响
无效合同，从法律角度讲，是指合同虽然已经成立，但因其违反法律、行政法规的强制性规定或者违背公序良俗等原因，而被认定为自始不具有法律效力的合同。如果药品经营许可证的办理是基于这样的无效合同，那么该许可证的合法性基础将不复存在。
二、处理方式
主动申请注销：
- 如果企业意识到其药品经营许可证是基于无效合同办理的，应当主动向原发证机关提出注销申请。
- 申请时，需要提交《药品经营许可证》注销说明、正副本原件、《GSP认证证书》原件以及营业执照副本复印件等材料。
被依法宣布无效：
- 如果原发证机关在审查过程中发现药品经营许可证的办理存在基于无效合同的情况，或者接到相关举报并查实后，有权依法宣布该许可证无效。
- 宣布无效的程序通常包括发布公告、通知企业、收回许可证等步骤。
法律后果：
- 药品经营许可证被注销或宣布无效后，企业将失去经营药品的合法资格。
- 如果企业继续从事药品经营活动，将构成违法行为，可能面临没收违法所得、罚款甚至吊销其他相关许可证的处罚。
三、具体操作流程（以广东省为例）
企业申请注销：
- 企业向原发证机关提交注销申请及相关材料。
- 原发证机关审查材料，符合注销条件的，在20个工作日内办结注销手续，并制作《〈药品经营许可证〉注销核准通知书》。
原发证机关直接公告注销：
- 如果企业未提出注销要求，但许可证已失效或被依法吊销、撤销等，原发证机关将直接公告注销。
现场取证与告知程序：
- 对于企业未提出注销要求且不属于直接公告注销情形的，原发证机关将组织现场取证，并依据收集的证据材料填写《〈药品经营许可证〉注销事先告知书》，告知当事人违法事实、拟注销的理由和依据以及陈述、申辩的权利。
- 企业在规定时间内未提出异议的，原发证机关将制作《〈药品经营许可证〉注销决定书》。
四、注意事项
- 企业在处理无效合同办理的药品经营许可证问题时，应积极配合原发证机关的调查和审查工作。
- 企业应确保提交的注销申请材料真实、完整、有效。
- 如果企业对注销决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
综上所述，对于无效合同办理的药品经营许可证，企业应主动申请注销或配合原发证机关的调查和审查工作，以确保合法合规地处理这一问题。希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问，请随时咨询。