一般不可以，协议离婚后二十五年起诉孩子不是亲生的，通常已超过诉讼时效。下面我为你详细解析：

1. 诉讼时效问题：

   • 根据相关法律规定，亲子关系确认或否认的诉讼，通常需要在一定期限内提出。这个期限可能因地区法律的不同而有所差异，但普遍原则是要求在发现或应当发现亲子关系存在问题后的合理时间内提起诉讼。
   • 协议离婚后二十五年才提起此类诉讼，显然已远远超出了通常的诉讼时效期间。除非有极其特殊的情况能够证明诉讼时效的中断或延长，否则法院很可能会因超过诉讼时效而驳回起诉。

2. 亲子关系的法律认定：

   • 亲子关系的确认或否认，通常需要通过DNA鉴定等科学手段进行。然而，即使鉴定结果显示孩子非亲生，由于诉讼时效的限制，这一结果可能无法在法律上产生效力。
   • 此外，亲子关系的法律认定还涉及到孩子的身份、权益以及可能涉及的财产分配等问题，这些都是在提起诉讼时需要综合考虑的因素。

3. 法律建议：

   • 如果你确实面临这样的情况，建议首先咨询当地的律师或法律专家，了解具体的法律规定和可能的诉讼途径。
   • 尽管诉讼时效可能已经超过，但仍有可能通过其他方式解决争议，如协商、调解等。
   • 同时，也需要考虑到孩子的感受和权益，尽可能减少对他们的伤害和影响。

综上所述，协议离婚后二十五年起诉孩子不是亲生的，由于通常已超过诉讼时效，法律上可能难以得到支持。建议你根据实际情况寻求合适的解决方案，并咨询专业律师的意见。